Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart

Переносные, портативные радиоприёмники. Коллекция из более 300 наименований.

Радиоприёмник высшего класса «Салют-001»

Радиоприёмник высшего класса «Салют-001» выпускался Рижским радиозаводом им. А.С.Попова. Приёмник разработан в середине 1977 года, однако его выпуск начался с 1980 года.

Наглядным проявлением социалистической интеграции в действии является разработка и производство радиоприёмника высшего класса »Салют-001». Аппарат создан совместным трудом специалистов рижского КБ »Орбита» (ПО »Радиотехника») и народного предприятия »Штерн-радио» Берлин (ГДР)

Приёмник отличается высокими электрическими и акустическими характеристиками, рядом потре бительских качеств, достигнутых использованием схемных решений, не применявшихся ранее в отечественной носимой аппаратуре и не уступает лучшим мировым образцам. Электронная настройка и автоподстройка частоты во всех диапазонах, сенсорное переключение фиксированных настроек (а их восемь, четыре в диапазоне УКВ и столько же в остальных), возможность автовыключения приёмника по заданному времени, двойное преобразование частоы при приёме радиостанций в растянутых диапазонах KB, эффективная многопетлевая система АРУ — далеко не полный перечень схемных особенностей и последних достижений мирового уровня применённых в приёмнике »Салют-001». Приёмник построен по функционально-блочному принципу. В нём 13 блоков. Блок ПЧ-ЧМ, блок регу лирования громкости и тембра, кассета для убирающегося сетевого шнура — разработаны немецки ми специалистами, остальные и конструкция приёмника — специалистами КБ »Орбита». Экспортный вариант радиоприёмника именовался »EuroMatic-001», »Salute-001», отличаясь диапазонами КВ, УКВ.

Приемник высшего класса — »Салют-001» предназначен для приёма передач радиостанций в диапазо нах: ДВ — 150…350кГц, СВ1 525…880кГц, СВ2 880…1605кГц, КВ1 3.45…5.8МГц, КВ2 5 9…6.2МГц, КВ3 7,1…7,35 МГц, КВ4 9,5…9,8МГц, КВ5 11,7…12,1МГц и УКВ 65,8…73МГц.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart В ДВ и СВ1, СВ2 приём ведется на раздельные магнитные антенны, в диапазонах KB, УКВ на телескопические. Имеется возможность подключения магнитофона (на запись и воспроизведение), электропроигрывателя, внешнего громкоговорителя или головных телефонов и внешнего источника питания. В приемнике имеются отключаемые системы бесшумной настройки в диапазоне УКВ и автоматической подстройки частоты во всех диапазонах, устройство автоотключения в заданное время (через 10-30 мин после нажатия на соответствующую кнопку), блок фиксированных настроек на 8 радиостанций с сенсорным управлением. Переход с фиксированной настройки на плавную происходит автоматически при прикосновении к ручке плавной настройки приёмника (при батарейном питании об этом свидетельствует зажигание ламп подсветки шкалы настройки). Приёмник может питаться от встроенной батареи (6 элементов 373), от сети переменного тока напряжением 110, 127, 220 или 237 В (через встроенный сетевой блок питания) и бортовой сети автомобиля. Работоспособность у приёмника сохраняется при снижении питания до 5,6 В.

Основные технические характеристики:

Реальная чувствительность: при приеме на внутреннюю антенну, мВ/м, в диапазонах: ДВ 1, СВ1, СВ2 — 0,5, КВ1-КВ5 — 0,15, УКВ — 0.01. Со входа для подключения внешней антенны, мкВ, в диапазонах: ДВ, СВ1,СВ2, КВ1-КВ5 — 100, УКВ — 6.
Селективность по соседнему каналу в диапазонах ДВ, СВ1, СВ2, дБ, не менее 50.
Селективность по зеркальному каналу, дБ, в диапазонах: ДВ- 60, СВ1, СВ2 — 64, КВ1 — 26 КВ2-КВ5 (по первому зеркальному каналу) 40, КВ2- КВ5 (по второму зеркальному каналу) 60, УКВ 50.
Промежуточная частота, МГц. При приёме в диапазонах: ДВ, СВ1, СВ2, КВ1 — 0,465, КВ2-КВ5 — 1,84 (первая) и 0.465 (вторая) УКВ — 10,7.
Полоса захвата системы АПЧ, кГц, в диапазонах: КВ1-КВ5 10…40, УКВ 200…600.
Полоса удержания системы АПЧ, кГц, в диапазонах КВ1-КВ5 20…100, УКВ — 300…900.
Изменение напряжения на выходе дБ, не более, при изменении напряжения на входе на 40 дБ (эффективность АРУ) 6.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart
Номинальный диапазон воспроизводимых частот, Гц, в диапазонах ДВ, СВ1, СВ2, КВ1-КВ5 — 80…4000, УКВ диа пазоне 80…12500.
Выходная мощность, Вт: номинальная 1, максимальная (при питании от сети) 4.
Габариты, мм — 480х112х280.
Вес радиоприёмника с батареями типа А-373, кг 7,7.
Литература:

Инструкция по эксплуатации приёмника «Салют-001».
Рекламное описание радиоприёмника в журнале Радио № 11 за 1977 год.
Подробное описание в журнале Радио № 5-6 за 1981 год.
Описание в справочнике И.Ф.Белова.

полный список схем и документации на QRZ.RU

1AR-88193825228.02.2003
2AR8000 инструкция по эксплуатации156700729.10.2002
3AR8200 cканирующий приёмник567923728.10.2002
4BC-312 схема291569330.10.2007
5Beomaster 3000 схема659391411.01.2008
6Eton Satellit 7501085208309.10.2014
7Fisher FM-350L1812238225.12.2014
8FM RDS-декодер897409.01.2006
9FM приемник со встроенным стереодекодером894907.04.2006
10FM РАДИО НА МИКРОСХЕМЕ KA22429735407.04.2006
11FM стерео тюнер на микросхеме TEA57111524007.03.2006
12FM-радиоприемник 88-l08 мHz на К174ХА34 с УЗЧ 10Вт на ТDА2003631607.04.2006
13IC-R3 Service Manual2548686701.11.2008
14IC-R3 Инструкция351366001.11.2008
15IC-R9500 Brochure899348031.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 03.2008
16IC-R9500 Manual21315389131.03.2008
17IC-R9500 Specification789375531.03.2008
18MASON AE-5800-3311431027.11.2011
19MASON R41L524341427.11.2011
20Maycom AR-108 Operating manual345334309.11.2007
21Radioshack DX-160 Manual354502.11.2007
22Radioshack DX-350 12-Band Portable Receiver512802.11.2007
23Radioshack DX-392 PLL All-Band Portable Receiver w Cassette Recorder746702.11.2007
24Radioshack DX-394 Owners manual343602.11.2007
25Radioshack DX-395 FM AM SW1 SW2 PLL Synthesized Receiver379302.11.2007
26Radioshack DX-396 AM SW FM Stereo PLL Portable Receiver363602.11.2007
27Radioshack DX-397 AM FM SW 12-Band Portable Receiver324802.11.2007
28Radioshack DX-398 Owners manual787402.11.2007
29Radioshack DX-399 Shortwave Receiver1344802.11.2007
30Radioshack DX-440 Service manual245102.11.2007
31Radioshack Personal FM Radio168502.11.2007
32Radioshack PRO-2053 Manual150402.11.2007
33Radioshack PRO-93 Manual128602.11.2007
34Radioshack PRO-94 Service manual128702.11.2007
35Radioshack PRO-95 Owners manuals159802.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 11.2007
36SDR радиоприемник диапазона 50 – 10000 кГц835716.03.2008
37SONY CRF-1 Manual169152926.03.2009
38SONY ICF-480, 490352315.05.2003
39SONY ICF-SW7600GR service manual2400450811.02.2005
40Stern 40х годов118391323.09.2002
41Tecsun PL-600 Review4097613731.03.2010
42Tecsun PL-600 Schematic163625631.03.2010
43Tecsun PL-600 инструкция183650231.03.2010
44Tecsun S-2000442216809.10.2014
45Telefunken Malhar1309202918.07.2010
46Ten-Tec RX-320 Manual422215230.11.2007
47Ten-Tec RX-320 Scheme224263130.11.2007
48Ten-Tec RX-340 MAnual7834164823.11.2007
49Trio 9R-59D General Communications Recever489141409.11.2007
50VEF-204 схема115376227.11.2008
51А 271 (автомобильный) — 45Кб44323509.01.2002
52А 275 (автомобильный) — 54Кб53269009.01.2002
53А 324 (автомобильный) — 32Кб31192209.01.2002
54А 327 (автомобильный) — 30Кб29215509.01.2002
55А 370 (А 370М) (автомобильный) — 30Кб29246409.01.2002
56А 373 (автомобильный) — 40Кб39263709.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 01.2002
57А-12154828.07.2002
58А-12а130728.07.2002
59А-13130628.07.2002
60А-17124728.07.2002
61А-17а121528.07.2002
62А-18148828.07.2002
63А-18е122128.07.2002
64А-271140728.07.2002
65А-275117328.07.2002
66А-3121928.07.2002
67А-324106028.07.2002
68А-32799628.07.2002
69А-370(М)99628.07.2002
70А-37388828.07.2002
71А-481028.07.2002
72А-578128.07.2002
73А-69581428.07.2002
74А-878628.07.2002
75А-8м81328.07.2002
76А-977628.07.2002
77Абава РП 8330163266605.08.2001
78Абава РП-8330124528.07.2002
79Абава РП-8330 (транзисторный) — 27Кб27273909.01.2002
80Аврора86128.07.2002
81Агат82228.07.2002
82Алмаз106428.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 07.2002
83Алмаз (транзисторный) — 22Кб21169709.01.2002
84Алмаз 401 (полупроводн.) — 25Кб26182509.01.2002
85Альпинист155528.07.2002
86Альпинист (2)125428.07.2002
87Альпинист (2) (транзисторный) — 22Кб22213709.01.2002
88Альпинист 320 (транзисторный) — 27Кб26580409.01.2002
89Альпинист 321 (транзисторный) — 33Кб33653609.01.2002
90Альпинист 405222228.07.2002
91Альпинист 405 (транзисторный) — 27Кб26282809.01.2002
92Альпинист 40734283705.08.2001
93Альпинист 407 (транзисторный) — 30Кб30254309.01.2002
94Альпинист 417 (полупроводн.) — 25Кб25421309.01.2002
95Альпинист 418 (полупроводн.) — 33Кб33401109.01.2002
96Альпинист РП-224 (полупроводн.) — 40Кб40399909.01.2002
97Альпинист РП-224-1 (полупроводн.) — 22Кб22345709.01.2002
98Альпинист РП-225 (полупроводн.) — 26Кб26234809.01.2002
99АМ КВ радиоприёмник334705.09.2010
100АМ-ЧМ радиоприемник с низковольтным питанием432807.04.2006
101Ангара186428.07.2002
102Антенный усилитель для УКВ ЧМ радиоприемника965707.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 04.2006
103Апв-60-291428.07.2002
104Араз77428.07.2002
105Араз-М65728.07.2002
106Арена ПМ-1005194156021.07.2003
107Арз-4982428.07.2002
108Арз-5178728.07.2002
109Арз-5481928.07.2002
110Арфа73428.07.2002
111АТ 6474928.07.2002
112АТ 64 (автомобильный) — 30Кб29150109.01.2002
113АТ 6671428.07.2002
114АТ 66 (автомобильный) — 52Кб50150209.01.2002
115Ат-6365328.07.2002
116Ат-6470428.07.2002
117Ат-6671628.07.2002
118Атмосфера77928.07.2002
119Атмосфера (транзисторный) — 21Кб20137609.01.2002
120Атмосфера 2М (транзисторный) — 21Кб21137309.01.2002
121Атмосфера-269528.07.2002
122Атмосфера-2М76628.07.2002
123Аусма69928.07.2002
124Байкал82528.07.2002
125Баку69128.07.2002
126Баку-5869128.07.2002
127Баку-58М65428.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 07.2002
128Балтика118828.07.2002
129Балтика М-254110728.07.2002
130Балтика-52108928.07.2002
131Банга116128.07.2002
132Банга (транзисторный) — 31Кб30161509.01.2002
133Банга 293228.07.2002
134Банга 2 (транзисторный) — 30Кб29155709.01.2002
135Беларусь89228.07.2002
136Беларусь-53105728.07.2002
137Беларусь-59153128.07.2002
138Беларусь-62108828.07.2002
139Беларусь-62С79028.07.2002
140Беларусь-Р101Л131528.07.2002
141Беларусь-Р103Л97428.07.2002
142Бирюза (цветомузыкальная)164028.07.2002
143Блок УКВ Лира РП231156628.07.2002
144Блюз РП-203А (автомобильный) — 65Кб64242809.01.2002
145Бригантина100828.07.2002
146Бригантина (радиола транз.) — 26Кб25150209.01.2002
147Былина 207112728.07.2002
148Былина 207 (автомобильный) — 46Кб45221409.01.2002
149Былина 310 (полупроводн.) — 36Кб37227309.01.2002
150Былина 315300928.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 07.2002
151Былина 315 (автомобильный) — 57Кб56742009.01.2002
152Былина 3204461193011.12.2011
153В3-56648141301.09.2010
154Вега102628.07.2002
155Вега 300 стерео (радиола) — 34Кб34520909.01.2002
156Вега 312 стерео (радиола) — 80Кб79566909.01.2002
157Вега 313 моно (радиола) — 48Кб48164509.01.2002
158Вега 323 стерео (радиола) — 85Кб85798309.01.2002
159Вега 341152828.07.2002
160Вега 341 (транзисторный) — 21Кб21264709.01.2002
161Вега 402105428.07.2002
162Вега 402 (транзисторный) — 26Кб26156209.01.2002
163Вега 404109828.07.2002
164Вега 404 (транзисторный) — 19Кб19234209.01.2002
165Вега РП-240 (полупроводн.) — 22Кб22423809.01.2002
166Вега РП-241 (полупроводн.) — 17Кб16255709.01.2002
167Вега РП-243 (полупроводн.) — 20Кб20239909.01.2002
168Вега РП-341-1162328.07.2002
169Вега РП-341-1 (полупроводн.) — 18Кб18218309.01.2002
170Верас РП-225 (полупроводн.) — 122Кб1201411509.01.2002
171Верньер из шарикоподшипников293307.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 04.2006
172Весна (транзист.)81128.07.2002
173Весна, Резонанс79628.07.2002
174Виктория 001 стерео127428.07.2002
175Виктория 001 стерео116828.07.2002
176Виктория 001 стерео (радиола) — 119Кб116282309.01.2002
177Волга88528.07.2002
178Волна161728.07.2002
179Волна-К альбом схем720077208.04.2019
180Волхова (мини) — 23Кб23149609.01.2002
181Воронеж (1-вариант)82028.07.2002
182Воронеж (2-вариант)75128.07.2002
183Восток 6Н2576028.07.2002
184Восток 7Н2778328.07.2002
185Восток-4975528.07.2002
186Восток-5792828.07.2002
187Восход78628.07.2002
188Восход 302 схема1397132005.02.2010
189Восход-279728.07.2002
190Высокая чувствительность приемника, простыми методами307207.04.2006
191Вэф — Аккорд135228.07.2002
192Вэф 12157628.07.2002
193Вэф 12 (транзисторный) — 48Кб47233209.01.2002
194ВЭФ 202 (транзисторный) — 79Кб79857809.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 01.2002
195ВЭФ 317 (транзисторный) — 90Кб90504209.01.2002
196Вэф М-557106828.07.2002
197Вэф М-697102328.07.2002
198Вэф-12120728.07.2002
199Вэф-Радио176828.07.2002
200Вэф-Рапсодия163328.07.2002
201Вэф-Спидола167128.07.2002
202Вэф-Спидола (транзисторный) — 41Кб40244409.01.2002
203Вэф-Спидола 10185628.07.2002
204Вэф-транзистор 17119928.07.2002
205Гайна Р-302Л82728.07.2002
206Гамма (цветомузыкальная)165528.07.2002
207Гамма-В (цветомузыкальная)169728.07.2002
208Гауя81728.07.2002
209Гауя (транзисторный) — 20Кб20149509.01.2002
210Где найти схему приемника719607.12.2003
211Геолог110828.07.2002
212Геолог (транзисторный) — 51Кб50195509.01.2002
213Геолог 2 (3) (полупровод.) — 39Кб39189709.01.2002
214Геолог 359188005.08.2001
215Гиала85228.07.2002
216Гиала (транзисторный) — 20Кб20149909.01.2002
217Гиала 303 (полупроводн.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart ) — 61Кб60192309.01.2002
218Гиала 404 (транзисторный) — 23Кб23249809.01.2002
219Гиала 407 (транзисторный) — 26Кб26262409.01.2002
220Гиала 410 (транзисторный) — 24Кб24221909.01.2002
221Дайна68928.07.2002
222Даугава74728.07.2002
223Двухканальный фазокомпенсационный приемник с разносом фаз 180 градусов66018.11.2017
224Днепропетровск69228.07.2002
225Днипро-5273828.07.2002
226Днипро-5669828.07.2002
227Днипро-5882128.07.2002
228Домино 20м — простой приемник прямого преобразования719330.05.2010
229Донец77128.07.2002
230Дорожный76928.07.2002
231Дружба90728.07.2002
232Жигули81428.07.2002
233Заря74728.07.2002
234Звезда100528.07.2002
235Звезда 54127928.07.2002
236Иволга-6690828.07.2002
237Ижевск69228.07.2002
238Илга 320 авто (автомобильный) — 16Кб16154009.01.2002
239Иоланта79328.07.2002
240Ирень 401137228.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 07.2002
241Ирень 401 (полупроводник.) — 18Кб18217609.01.2002
242Искра81328.07.2002
243Искра-5275728.07.2002
244Искра-5378128.07.2002
245Италмас73528.07.2002
246Ишим (транзисторный) — 82Кб81885009.01.2002
247Ишим 003 (транзисторный) — 121Кб1191484209.01.2002
248Ишим-003284853719.12.2000
249Ишим-003197454101.11.2010
250К174ХА42 — однокристальный ЧМ радиоприемник284407.04.2006
251Казань69628.07.2002
252Казань (радиола ламп.) — 14Кб14143509.01.2002
253Казань-5777928.07.2002
254Казахстан280628.07.2002
255Казахстан и Казахстан-2 — описание пользователя2135278515.09.2008
256Казахстан и Казахстан-2 — принципиальная схема1223560315.09.2008
257Кама74328.07.2002
258Кама (радиола ламп.) — 10Кб10148209.01.2002
259Кама-6170728.07.2002
260Кама-6283328.07.2002
261Кантата174328.07.2002
262Кантата 204 (радиола ламп.) — 82Кб82714509.01.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 2002
263Кварц 309 (транзисторный) — 53Кб52254209.01.2002
264Кварц 401102328.07.2002
265Кварц 401 (транзисторный) — 23Кб23143509.01.2002
266Кварц 402 (транзисторный) — 24Кб24155809.01.2002
267Кварц 403(404,405) (транзисторный) — 26Кб26198109.01.2002
268Кварц 406 (транзисторный) — 40Кб37154509.01.2002
269Кварц 40735171905.08.2001
270Кварц 408 (транзисторный) — 36Кб33197609.01.2002
271Кварцевые генераторы1571907.04.2006
272Кварцевые генераторы233107.04.2006
273Киев 788628.07.2002
274Киев 7 (транзисторный) — 21Кб20130709.01.2002
275Киев Б-273728.07.2002
276КМПУ315139621.07.2003
277Колос82210722.06.2006
278Комета93728.07.2002
279Компактный приЈмник СВ135907.04.2006
280Конвертер диапазона 128-148 МГц в диапазон 88-108 МГц206707.04.2006
281Конвертер для приема звука телевизора на УКВ приемник232407.04.2006
282Конвертер для УКВ приемника405307.04.2006
283Корвет 104 стерео (тюнер) — 110Кб108242209.01.2002
284Космонавт69728.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 07.2002
285Космонавт (транзисторный) — 22Кб22114209.01.2002
286Космос64428.07.2002
287Космос (транзисторный) — 18Кб18114309.01.2002
288Космос М62028.07.2002
289Космос М (транзисторный) — 19Кб18122809.01.2002
290Круиз 203 (автомобильный) — 142Кб142271709.01.2002
291Ласточка59528.07.2002
292Ласточка (транзисторный) — 20Кб20102509.01.2002
293Латвия М-12769128.07.2002
294Латвия РН-5995128.07.2002
295Латвия-264128.07.2002
296Латвия-М83328.07.2002
297Лель (транзисторный) — 15Кб15105709.01.2002
298Лель РП-202 (полупроводн.) — 24Кб25120109.01.2002
299Лель РП-202 (транзисторный) — 24Кб25119509.01.2002
300Ленинград100228.07.2002
301Ленинград 002309928.07.2002
302Ленинград 002 (транзисторный) — 104Кб102778009.01.2002
303Ленинград 010 стерео416228.07.2002
304Ленинград 010 стерео (транзисторный) — 236Кб231495109.01.2002
305Ленинград-006 Стерео3666591507.04.2017
306Ленинградец57028.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 07.2002
307Лира94328.07.2002
308Лира РП 231 (полупроводн.) — 80Кб81274709.01.2002
309Лира РП 241 (транзисторный) — 61Кб60302309.01.2002
310Лира РП-249253238809.10.2014
311Лира РП231152728.07.2002
312Луч53428.07.2002
313Луч (транзисторный) — 21Кб2186509.01.2002
314Любительский радиоприемник на 160 метров450507.04.2006
315Люкс100828.07.2002
316Люкс-293128.07.2002
317Малыш81128.07.2002
318Маршал-М63228.07.2002
319Маяк94628.07.2002
320Маяк-2978313311.05.2012
321Мелодия68528.07.2002
322Мелодия-6460028.07.2002
323Меридиан131528.07.2002
324Меридиан (транзисторный) — 44Кб43179009.01.2002
325Меридиан 206135336405.08.2001
326Меридиан 210 (транзисторный) — 84Кб82870009.01.2002
327Меридиан 235 (транзисторный) — 88Кб86577409.01.2002
328Меридиан РП-248 (полупроводн.) — 84Кб83662709.01.2002
329Меридиан РП-348165428.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 07.2002
330Меридиан РП-348 (транзисторный) — 74Кб73322709.01.2002
331Меркурий 210 (транзисторный) — 99Кб97232209.01.2002
332Микро71428.07.2002
333Микрон97528.07.2002
334Микрон (транзисторный) — 8Кб7124609.01.2002
335Микрон РП-203 (полупроводн.) — 20Кб20220509.01.2002
336Миниатюрный радиоприемник ДВ и СВ365007.04.2006
337Минск51728.07.2002
338Минск (стереорадиола)63328.07.2002
339Минск (транзисторный) — 19Кб1995009.01.2002
340Минск Р-762928.07.2002
341Минск Р-7-5546528.07.2002
342Минск РС-301-Л46428.07.2002
343Минск С-442828.07.2002
344Минск-139328.07.2002
345Минск-5552728.07.2002
346Минск-5841928.07.2002
347Минск-6147028.07.2002
348Минск-6240628.07.2002
349Минск-6545228.07.2002
350Мир48928.07.2002
351Мир (транзисторный) — 18Кб1892909.01.2002
352Мир М-15248828.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 07.2002
353Мир М-15449728.07.2002
354Москвич-348028.07.2002
355Москвич-Б47428.07.2002
356Москвич-В (1- вариант)50928.07.2002
357Москвич-В (2-вариант)48228.07.2002
358Москвич-В (3-вариант)50828.07.2002
359Москвич-В (4-вариант)50828.07.2002
360Мрия 30146528.07.2002
361Мрия 301 (радиола транз.) — 39Кб39110309.01.2002
362Муромец (приемник)62528.07.2002
363Муромец (радиола)59728.07.2002
364Муромец-6249828.07.2002
365Нарочь42528.07.2002
366Нарочь (транзисторный) — 25Кб2484709.01.2002
367Нева (радиола)42528.07.2002
368Нева 2 (транзисторный) — 22Кб22117109.01.2002
369Нева-241628.07.2002
370Нева-4841528.07.2002
371Нева-5140228.07.2002
372Нева-5241028.07.2002
373Нева-5538528.07.2002
374Невский 402117128.07.2002
375Невский 402 (микросхема) — 17Кб17197409.01.2002
376Нейва64528.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 07.2002
377Нейва (транзисторный) — 23Кб22119109.01.2002
378Нейва 303 (транзисторный) — 18Кб19133409.01.2002
379Нейва 40229205805.08.2001
380Новь41528.07.2002
381О работе приемника на микросхеме К174ХА34280107.04.2006
382Огонек (приемник)76128.07.2002
383Огонек (радиола)41728.07.2002
384Океан192628.07.2002
385Океан 204 (205)287628.07.2002
386Океан 204 (205) (транзисторный) — 94Кб91456709.01.2002
387Океан 2091131328.07.2002
388Океан 209 (транзисторный) — 79Кб771264209.01.2002
389Океан 214 (транзисторный) — 57Кб562670009.01.2002
390Океан РП-222 (полупроводн.) — 148Кб1451982709.01.2002
391Октава (приемник)65628.07.2002
392Октава (радиола)67328.07.2002
393Октябрь54728.07.2002
394Олимпик 2 (полупроводн.) — 24Кб23133809.01.2002
395Описание инструкция к радиоприемнику Р-67324813.01.2020
396Орбита55328.07.2002
397Орленок47528.07.2002
398Орленок (транзисторный) — 18Кб1892409.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 01.2002
399Орленок 60547928.07.2002
400Орленок 605 (транзисторный) — 19Кб19112609.01.2002
401Орленок М43228.07.2002
402Орленок М (транзисторный) — 17Кб1693009.01.2002
403Отдых41328.07.2002
404Паспорт к радиоприемнику «Родина 52»1805378719.11.2015
405Пеликан24952138326.09.2010
406Перестройка блоков УКВ на FM802707.04.2006
407Перестройка импортных УКВ приемников для приема станций отечественного диапазона.144228.05.2001
408Пионер73828.07.2002
409Планета47528.07.2002
410Планета (транзисторный) — 23Кб2296109.01.2002
411Преобразователь УКВ — FM451507.04.2006
412Прибор 2-0М (2-1М)632871005.05.2015
413Прибор 4-0М371783719.04.2015
414Приемник на 144 МГц211907.04.2006
415Приемник начинающего коротковолновика697807.04.2006
416Приемник прямого преобразования363407.04.2006
417Приемник Р-160П3799240822.11.2006
418ПРИЗМА-21135122910.09.2003
419Принципиальная схема Chaub Lorenz Inter Continental U 790 schematic diagram1617117423.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 05.2019
420Принципиальныесхемы старых радиоприемников.183930.07.2002
421Принцпиальная схема Degen 1103 schematic diagram320164508.04.2018
422Проминь36528.07.2002
423Проминь-239928.07.2002
424Проминь-М40928.07.2002
425Простой FM-приемник 88-108 МГц262207.04.2006
426Простой высококачественный стереоприемник1456427.01.2004
427Простой УКВ приЈмник165007.04.2006
428Простой УКВ ЧМ приемник149407.04.2006
429Простые радиоприемные устройства УКВ715716.02.2004
430Пунане Рет VV-46246528.07.2002
431Пунане Рет VV-66245628.07.2002
432Пунане Рет VV-66343728.07.2002
433Р-155 П132245410.09.2003
434Р-250М147380921.07.2003
435Р-250М альбом схем7400038108.04.2019
436Р-250М документация15400062208.04.2019
437Р-311-У — техническое описание радиоприемника1329926.05.2004
438Р-313М2 документация1761321417.11.2008
439Р-326 полное описание45642719607.09.2010
440Р-399 А129257810.09.2003
441Р-675 (ОНИКС)237542220818.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 03.2007
442Радиоконструктор Электрон-М306263710.10.2016
443Радиоприемник «Волна-К»4301155121.07.2003
444Радиоприемник «Волна-К» — техдокументация722867229.05.2003
445Радиоприемник «Салют 001»3183302129.01.2014
446Радиоприемник Contest-RX545230.05.2007
447Радиоприемник \»ЛЕС-3,5\» эксплуатационная документация2013164716.10.2009
448Радиоприёмник «Экстра-Тест» — схемы, описание124531.08.2018
449Радиоприемник на низкочастотные диапазоны344622.07.2007
450Радиоприемник прямого усиления ДВ338907.04.2006
451Радиотехника Т-68969628.07.2002
452Радиотехника Т-75557728.07.2002
453Радиотехника Т101 стерео184628.07.2002
454Радиотехника Т101 стерео (тюнер) — 139Кб136526209.01.2002
455Радиотехника Т7111 стерео (тюнер) — 70Кб69289009.01.2002
456Рапсодия49728.07.2002
457Рассвет (1-вариант)71828.07.2002
458Рассвет (2-вариант)92028.07.2002
459РД 360242828.07.2002
460РД 3602 (автомобильный) — 24Кб2499209.01.2002
461РЕЖИМ РЕГЕНЕРАЦИИ В СВЕРХРЕГЕНЕРАТИВНОМ ПРИЕМНИКЕ151807.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 04.2006
462Резонанс48128.07.2002
463Резонансный УПЧ на 174ПС1190807.04.2006
464Рекорд (приемник)62128.07.2002
465Рекорд (радиола ламп.) — 16Кб13133609.01.2002
466Рекорд-4749728.07.2002
467Рекорд-53М57928.07.2002
468Рекорд-5977228.07.2002
469Рекорд-601М40028.07.2002
470Рекорд-60М76228.07.2002
471Рекорд-6195628.07.2002
472Рекорд-61М84728.07.2002
473Рекорд-61М247528.07.2002
474Рекорд-6549228.07.2002
475Рекорд-6691728.07.2002
476Рекорд-6871028.07.2002
477Рига 101 (радиола транз.) — 28Кб28152209.01.2002
478Рига 103196528.07.2002
479Рига 103 (102) (транзисторный) — 89Кб87359709.01.2002
480Рига Б-91249328.07.2002
481Рига-10190728.07.2002
482Рига-30161128.07.2002
483Рига-657528.07.2002
484Ригонда206428.07.2002
485Ригонда-С110928.Схема соло рп 201: Bravis led-43e2000 smart 07.2002
486Родина50828.07.2002
487Родина (вариант)40228.07.2002
488Родина 65 (транзисторный) — 45Кб44108509.01.2002
489Родина-4749128.07.2002
490Родина-5257728.07.2002
491Родина-52А49528.07.2002
492Родина-52М58728.07.2002
493Родина-5850128.07.2002
494Родина-5948128.07.2002
495Родина-59У40328.07.2002
496Родина-60М149428.07.2002
497Родина-60М235828.07.2002
498Родина-6549628.07.2002
499Рондо 101117129805.08.2001
500Рондо 101 стерео (тюнер) — 49Кб48141409.01.2002
501Россия89428.07.2002
502Россия 30352666305.08.2001
503РПУ «Бригантина-М» альбом схем6500030203.09.2019
504Рубин (2)52728.07.2002
505Рубин (2) (транзисторный) — 28Кб27105009.01.2002
506Рубин Т-756628.07.2002
507Рубин-252428.07.2002
508Салют78428.07.2002
509Салют 001 (полупровод.) — 129Кб129439809.01.2002
510Самодельный сканирующий приемник675427.10.2004
511Сатурн49428.07.2002
512Сатурн (транзисторный) — 22Кб2197609.01.2002
513Свехрегенеративный приемник на Си-Би диапазон221507.04.2006
514Свирель (транзисторный) — 24Кб24135509.01.2002
515Свирель 402 (микросхема) — 29Кб28140409.01.2002
516Сдвоенный тюнер TEAC TR-D200077059007.10.2016
517Селга90128.07.2002
518Селга (транзисторный) — 20Кб20166009.01.2002
519Селга 309102728.07.2002
520Селга 309 (микросхема) — 14Кб13149209.01.2002
521Селга 40297428.07.2002
522Селга 402 (транзисторный) — 22Кб22204009.01.2002
523Селена (Selena) В-21516281106817.09.2006
524Серенада61628.07.2002
525Серенада 40663128.07.2002
526Серенада 406 (радиола) — 28Кб28206909.01.2002
527Серенада РЭ-209 (радиола) — 93Кб92307409.01.2002
528Сибирь48528.07.2002
529Сигнал63328.07.2002
530Сигнал (транзисторный) — 21Кб21102809.01.2002
531Сигнал 40232201105.08.2001
532Симфония-295328.07.2002
533Сириус69428.07.2002
534Сириус-316 пано (радиола транз.) — 68Кб67451309.01.2002
535Сириус-582628.07.2002
536Сириус-М69728.07.2002
537Сканирующее устройство94707.04.2006
538Сокол 262028.07.2002
539Сокол 2 (транзисторный) — 24Кб23126009.01.2002
540Сокол 307 (транзисторный) — 22Кб22142609.01.2002
541Сокол 308 (транзисторный) — 37Кб37447909.01.2002
542Сокол 465628.07.2002
543Сокол 4 (транзисторный) — 36Кб35123309.01.2002
544Сокол 403 (транзисторный) — 21Кб21218509.01.2002
545Сокол 40431192005.08.2001
546Сокол 404 (транзисторный) — 23Кб23201009.01.2002
547Соната80428.07.2002
548Спидола98928.07.2002
549Спидола 207 (транзисторный) — 66Кб66195309.01.2002
550Спидола 230(231) (транзисторный) — 64Кб64355209.01.2002
551Спидола 23189271605.08.2001
552Спидола 232 (транзисторный) — 70Кб69651209.01.2002
553Спорт 2 (транзисторный) — 32Кб31108009.01.2002
554Спорт 30149328.07.2002
555Спорт 301 (транзисторный) — 34Кб33116409.01.2002
556Старт 245928.07.2002
557Старт-250428.07.2002
558Стерео в простом УКВ приемнике221607.04.2006
559Стереоприемник с ПДУ, индикацией и памятью267107.04.2006
560Сувенир45428.07.2002
561Схема и фотоальбом приемника Р-6731800037113.01.2020
562Сюрприз50728.07.2002
563Сюрприз (транзисторный) — 16Кб15105109.01.2002
564Сюрприз-6746328.07.2002
565Таллин Б-237228.07.2002
566Тернава 302 (автомобильный) — 74Кб75306509.01.2002
567Тонар РП-303А149228.07.2002
568Тонар РП-303А (автомобильный) — 110Кб108311409.01.2002
569Тонар-авто 30157128.07.2002
570Тонар-авто 301 (автомобильный) — 44Кб43144009.01.2002
571Тонар-авто 302 (автомобильный) — 70Кб71146209.01.2002
572Топаз 238128.07.2002
573Топаз 2 (транзисторный) — 25Кб2575109.01.2002
574ТПС-54115928.07.2002
575ТПС-58247728.07.2002
576Тула (1-вариант)37828.07.2002
577Тула (2-вариант)41328.07.2002
578Турист53728.07.2002
579Турист (автомобильный) — 55Кб5475209.01.2002
580Турист 315 (транизисторный) — 19Кб19156409.01.2002
581Тюнер Т-202 (Болгария)44861307.10.2016
582УKB ПРИЕМНИК — В ПАЧКЕ «MARLBORO»146407.04.2006
583Увеличение чувствительности приемника «MANBO»312607.04.2006
584УВЧ ДЛЯ СВ ПРИЕМНИКА248207.04.2006
585УКВ пpиемник на К174ХА34199407.04.2006
586УКВ приЈмник из старого телевизора408607.04.2006
587УКВ приемник284507.04.2006
588УКВ приемник КХА058247707.04.2006
589УКВ приемники на К174ХА42232707.04.2006
590УКВ ЧМ пpиемник на КХА058135407.04.2006
591УКВ ЧМ приемник172807.04.2006
592УКВ ЧМ приемник на 145 МГц188607.04.2006
593УКВ ЧМ приемник на КХА060197907.04.2006
594УКВ ЧМ приемник с синтезатором частоты2071209.11.2006
595УКВ-ЧМ тюнер на К174ХА34 (TDA7021)687207.04.2006
596Украина 20162128.07.2002
597Украина 201 (транзисторный) — 32Кб31117309.01.2002
598Универсальный гетеродин широкого применения136907.04.2006
599Универсальный УКВ ЧМ приемник317007.04.2006
600Урал 114 (радиола ламп.) — 117Кб115785009.01.2002
601Урал 301 (транзисторный) — 35Кб35106909.01.2002
602Урал РМ334А (автомобильный) — 91Кб91157609.01.2002
603Урал РП-340А53628.07.2002
604Урал РП-340А (автомобильный) — 67Кб66112109.01.2002
605Урал-172728.07.2002
606Урал-110499211519.06.2006
607Урал-271828.07.2002
608Урал-4758328.07.2002
609Урал-564228.07.2002
610Урал-5246328.07.2002
611Урал-778028.07.2002
612Урал-авто304528.07.2002
613Урал-авто (автомобильный) — 78Кб76335809.01.2002
614Урал-авто 2363628.07.2002
615Урал-авто 2 (автомобильный) — 74Кб721000209.01.2002
616Уралец (1-вариант)44028.07.2002
617Уралец (2-вариант)39628.07.2002
618Усилитель РЧ для FM радиоприемника235207.04.2006
619Утро 601 (транзисторный) — 21Кб2185809.01.2002
620Факел40828.07.2002
621Хазар 40245129713.09.2007
622Харьков39128.07.2002
623Чайка44228.07.2002
624Чайка (транзисторный) — 18Кб1889409.01.2002
625Чайка-М50028.07.2002
626ЧМ-приемник на TDA7088T339807.04.2006
627Чувствительный сверхрегенеративный АМ приемник180707.04.2006
628Экономичный приемник для Си-Би радиостанции148707.04.2006
629Экономичный приемник узкополосной ЧМ122807.04.2006
630Экономичный, стереофонический УКВ приемник327807.04.2006
631Экспериментальный приемник сигналов РБУ 66 кГц318616.03.2008
632Элегия 102 стерео (радиола) — 54Кб54518609.01.2002
633Элегия 106 стерео (радиола) — 56Кб55220109.01.2002
634Электрон57128.07.2002
635Электроника Р403 (с часами) — 49Кб48133009.01.2002
636Электроника-160 RX2611243415.03.2016
637ЭЛЕКТРОННАЯ НАСТРОЙКА ПРИЕМНИКА182107.04.2006
638Электросигнал-341128.07.2002
639ЭЛС-148228.07.2002
640Эра 2М30928.07.2002
641Эра 2М (транзисторный) — 8Кб896509.01.2002
642Эстония76428.07.2002
643Эстония 006294828.07.2002
644Эстония 009 стерео (радиола) — 127Кб125395109.01.2002
645Эстония 010 стерео195528.07.2002
646Эстония 010 стерео (тюнер) — 187Кб183340809.01.2002
647Эстония-298028.07.2002
648Эстония-373528.07.2002
649Эстония-4107928.07.2002
650Этюд35728.07.2002
651Этюд (транзисторный) — 21Кб21105709.01.2002
652Этюд 241728.07.2002
653Этюд 2 (транзисторный) — 22Кб21117709.01.2002
654Этюд 60335228.07.2002
655Этюд 603 (транзисторный) — 22Кб21103909.01.2002
656Эфир60928.07.2002
657Эфир (радиола транз.) — 43Кб42112009.01.2002
658Эфир-6746028.07.2002
659Эфир-М88928.07.2002
660Эхо 601 стерео (транз.встроенный) — 30Кб30115209.01.2002
661Юбилейный30428.07.2002
662Югдон39528.07.2002
663Юниор (полупроводн.) — 23Кб2482809.01.2002
664Юность71628.07.2002
665Юпитер49028.07.2002
666Юпитер 60145528.07.2002
667Юпитер 601 (транзисторный) — 22Кб9124709.01.2002
668Юпитер-М47928.07.2002
669Янтарь47328.07.2002

Кресло Соло (тон 004 жест.сиденье)

Представлены на складах:
Склад Москва
(Москва, Обухово, Кудиновское шоссе, 17)
Наличие: 4
Склад Санкт-Петербург
(Санкт-Петербург, ул. Химиков, 26)
Наличие: 13
Можно посмотреть в магазинах:
МЦ «Гранд Каньон»
(Санкт-Петербург, ул. Шостаковича д.8, к.1, 2 этаж, секция 202)
МЦ «12 стульев»
(Санкт-Петербург, ул. Балканская, д. 17, лит.А, 3 этаж, место С5)
МЦ «Мебельный Континент»
(Санкт-Петербург, Варшавская улица, д.3, к.1, III корпус, 2 этаж, секция 202)
МЦ «Мебельный Континент»
(Санкт-Петербург, Варшавская улица, д.3, к.1, III корпус, 2 этаж, секция 202, 204)
МЦ «Мебель Молл»
(Санкт-Петербург, п.Тельмана, ул. Оборонная, д.2Б, 2 этаж, секция 88)
111 ТС — Акв -1(выставка)Наличие: 0
1112 ТС — Акв -2-БРУНО (выставка)Наличие: 0
1113 ТС — скл№8 Акв(54квм)Наличие: 0
112 ТС — БГ-1 (выставка)Наличие: 0
113 ТС — БГ-2 (выставка)Наличие: 0
114 ТС — БГ-3 (выставка)Наличие: 0
115 ТС — ГК (выставка)Наличие: 2
1152 ТС — склад ГК (94 квм)Наличие: 0
1153 ТС — ГК 1 ДИСКОНТ (выставка)Наличие: 0
116 ТС — ГК -2 (выставка)Наличие: 0
117 ТС — ГК -3 (выставка)Наличие: 0
118 ТС — БК-1 (выставка)Наличие: 0
119 ТС — БК-2-БруноР (выставка)Наличие: 1
120 ТС — БК-3- КУХНИ (выставка)Наличие: 0
121 ТС — К- 1Наличие: 0
1211 ТС — К-1 СтПЛЮСНаличие: 0
122 ТС — К- 2 (выставка)Наличие: 0
1221 ТС — К- 2 БРУНО (выставка)Наличие: 2
1222 ТС — К- 2 КУХНИ (выставка)Наличие: 0
123 ТС — К- 3 (выставка)Наличие: 1
124 ТС — Круиз (выставка)Наличие: 0
125 ТС — Караваевская (выставка)Наличие: 0
126 ТС — М-Вуд (выставка)Наличие: 0
127 ТС — МХ-2 (выставка)Наличие: 0
127с ТС — склад9 МХНаличие: 0
128 ТС — МХ-3 (выставка)Наличие: 0
129 ТС — ММолл (выставка)Наличие: 2
130 ТС — МСНаличие: 0
131 ТС — Звездная (выставка)Наличие: 0
1311 ТС — скл10 Звз (77 квм)Наличие: 0
132 ТС — ЮЗ -1 кухниНаличие: 0
133 ТС — ЮЗ -2 ДС (выставка)Наличие: 0
134 ТС -ДЦ МХНаличие: 0
135 ТС — склад ЮЗ (34,75 квм)Наличие: 0
4.ТС — Бум (НН)Наличие: 0
5.ТС — МБ 2 (НН)Наличие: 0
6.ТС — МБ(НН)Наличие: 0
7.ТС — ОМ (НН)Наличие: 0
8.ТС — ОМ-2 (НН)Наличие: 0
9.ТС — ПУ(НН)Наличие: 0
91.ТС — ПУ2 (НН)Наличие: 0
РП- НН (щ)Наличие: 0
РП-ЕктНаличие: 0
РП-ОбуховоНаличие: 4
ТС — ВагантНаличие: 0
ТС — РумянцевоНаличие: 0
ТС-ПВЗНаличие: 0
ФСкладСПбНаличие: 13

Сигнал рп 201 схема — laleengawo.codeforheilbronn.de

Сигнал рп 201 схема — laleengawo.codeforheilbronn.de

Сигнал рп 201 схема

Схема проезда Радиоприемник Сигнал РП-201 имеет 3 диапазона волн (УКВ,СВ и КВ), телескопическую антенну, разъём под наушники, регулировку громкости, универсальное питание (2 батареи размера. Apr 06, 2016 · Конференция по ремонту электронной аппаратуры. Место встречи лучших русскоговорящих специалистов. Схемы, справочники, документация, советы мастеров. Данко РП-201-01 . Сигнал РП-204 Турист РП-215 Альпинист РП-221 Волхова РП-202-1 Волхова РП-203 Вега РП-241-1 Верас РП-225 Ирень-301: Портативные радиоприёмники-3: Схема электрическая принципиальная УВЧ … 7tor.org BitTorrent трекер ex. Sun-Torrents.name Счастливый торрент-трекер радиоприемник верас рп 221 ремонт транзистора веф 201. схема подключения счетчика. Oct 05, 2013 · Нужна принципиальная схема от радиоприёмника Микрон РП-201, самой первой модификации (без 174ХА34, а с 174УР3) , что выпускались у нас в Нижнем на заводе Фрунзе. Бесплатно схема вышивки крестом поцелуй на ночь. Бесплатные новогодние схемы вышивки крестом. Схема проезда Переносной радиоприемник в классическом исполнении Сигнал РП-201. Сигнал-(1990) Сигнал РП-204 Сигнал РП-206 Сигнал РП-212 Сигнал РП-302 Сигнал-304 Сигнал-306 Сигнал-402 Сигнал-601 Синтар РП-215 Славутич РП-201 Сокол Сокол-М Сокол-2 Сокол-3 Сокол-4 Сокол-6 Сокол РП-204 Сокол РП-210.
Доставка Инструкция. Быт аппаратура сов. Производства Парус 201, Парус 302, Протон 401. Jan 11, 2014 — Документация по всей видимости ох как редка, но всё же есть. Вместе с радиоприемник соло рп-201-3 инструкция часто ищут Как переделать радиоприёмник под usb Радиоприёмник сигнал 204 схемы Радиоприемник лира рп-248 не включается Инструкция start

Links to Important Stuff

Links

  • Короткозамыкатель Заметки электрика.
  • РАДИОПРИЕМНИКИ И РАДИОЛЫ — Сайт Радиолюбитель.
  • Трансформатор напряжения НТМИ-10 Заметки электрика.
  • РЕТОМ-61 / НПП Динамика.
  • РД 34.03.201-97 Правила техники безопасности при.
  • Об утверждении Правил переключений в электроустановках.
  • Инстpукция Инструкция по эксплуатации железнодорожных.
  • Периодичность государственной поверки средств измерений.
  • ЭР2 — Википедия.
  • СО 34.35.302-2006 Типовая инструкция по организации.


© Untitled. All rights reserved.


правила в кабинете информатики — 100hits.ru

Протирочные машины. Протирание — это не только процесс измельчения, но и разделения, т.е. отделения массы плодоовощного сырья от косточек, семян и кожуры на ситах с диаметром ячеек 0,,0 мм. Финиширование — это дополнительное измельчение протертой массы пропусканием через сито диаметром отверстий 0,,6 мм.  Правила эксплуатации и безопасность труда. Перед началом работы на протирочной машине проверяют санитарное состояние, правильность сборки и надежность крепления сита, терочных дисков, сменного ротора, надежность крепления всех деталей машины.

После этого проверяют надежность и исправность установленного заземления. Затем машину проверяют на холостом ходу. Правила безопасной эксплуатации овощерезательных машин: 1. Приступать к работе на машине могут только работники, имеющие сухую и специальную форму одежды. 2. Проверяют санитарно-техническое состояние, правильность сборки, надежность крепления ножей, ножевых блоков и решеток, а также прочность крепления бункера.

4. Правила работы машинами. При работе машиной класса Iследует применять индивидуальные средства защиты: диэлектрические перчатки, галоши, коврики и т.п.), за исключением случаев, указанных ниже. Допускается производить работы машиной класса I, не применяя индивидуальных средств защиты, в следующих случаях, если  При эксплуатации машин необходимо соблюдать все требования инструкции по их эксплуатации, бережно обращаться с ними, не подвергать их ударам, перегрузкам, воздействию грязи, нефтепродуктов.

Машины, не защищенные от воздействия влаги, не должны подвергаться воздействию капель и брызг воды или другой жидкости. Производительность протирочных машин предварительной протирки определяется по формуле: где D-диаметр ситового барабана протирочной машины, м; L — длина била, м; n — число оборотов бил в минуту  Машины и механизмы, для измельчения. Устройство, принцип действия, правила эксплуатация и техника безопасности. Определение производительности и потребной мощности.

Машины предназначены для измельчения мяса и рыбы на фарш, повторного измельчения котлетной массы и набивки колбас при помощи мясорубки. Правила эксплуатации и безопасность труда. Перед началом работы на протирочной машине проверяют санитарное состояние, правильность сборки и надежность крепления сита, терочных дисков, сменного ротора, надежность крепления всех деталей машины.

После этого проверяют надежность и исправность установленного заземления. Затем машину проверяют на холостом ходу.  Протирочная машина МП 1 — лоток, 2 — решетка, 3 — лопастной ротор, 4 — загрузочный бункер, 5 — люк для отходов, 6 — ручка с эксцентриковым зажимом, 7 — емкость для сбора отходов, 8 — клиноременная передача, 9 — электродвигатель.

Таблица Правила эксплуатации и безопасность труда. Перед началом работы на протирочной машине проверяют санитарное состояние, правильность сборки и надежность крепления сита, терочных дисков, сменного ротора, надежность крепления всех деталей машины. После этого проверяют надежность и исправность установленного заземления. Затем машину проверяют на холостом ходу.

5. Усвоить правила безопасной эксплуатации и наладки одноступенчатой протирочной машины непрерывного действия. Оборудование, инструменты и инвентарь: одноступенчатая протирочная машина, кастрюли вместимостью 2 3 л (2 шт.), деревянный толкач, секундомер, штангенциркуль. Продукты: яблоки-5,0кг; томаты-5,0кг; косточки-5,0кг. Изучение устройства и принципа работы. Одноступенчатая протирочная машина (рис) состоит из корпуса, привода, бичевого вала и ситового барабана, смонтированных на общей раме.

Протирочная машина непрерывного действия предназначена для удаления косточек из различных фрук. Правила эксплуатации протирочных машин. Перед включением машин и механизмов в работу проверяют их санитарное состояние, заземление, прочность крепления рабочих органов и инструментов, бункеров и загрузочной воронки.

Затем включают машину на холостом ходу. Убедившись в исправности и не выключая двигателя, производят загрузку продуктов. Запрещается проталкивать или поправлять застрявшие продукты руками во время работы машины, так как это может быть причиной травматизма.

Соло рп-201-3 схема — baiauto.ru

Скачать соло рп-201-3 схема djvu

Дневники Файлы Справка Социальные группы Все разделы прочитаны. Нашол данный приёмник после вскрытия обнаружил что его здорово поджарили даже сгорели несколько дорожек. Ещё транзистор корпус как у КТ Цветовая маркировка его такая одна Белая точка на торце с боку нет не каких обозначений. Вот и замарочка что это за транзистор??? Может у кого есть такой приёмник с такой начинкой поделитесь инфо. Да и может схема у кого лежит без дела помогите вастоновить приёмник.

Оценка 0. Nikolaj26 Посмотреть профиль Найти ещё сообщения от Nikolaj26 Читать дневник. Крупнейшее в Китае предприятие по производству прототипов печатных плат, более , клиентов и более 10, онлайн-заказов ежедневно. Мало кто из инженеров-разработчиков знает про особенность электрохимической системы, которая проявляется у батареек большинства представленных на рынке брендов.

Производители литиевых батареек знают об этой особенности, но не указывают её в даташите. Сообщение от Юри. Технология SOI против паразитных эффектов в драйверах затвора. Микросхемы драйверов затвора силовых транзисторов, изготавливаемые по технологии монолитного кремния, подвержены негативному влиянию отрицательных напряжений, возникающих на опорном выводе для верхнего плеча.

В настоящее время в этом диапазоне практически отсутствует радиовещание, так как международный стандарт предусматривает радиовещание в диапазоне частот 88… МГц. В качестве предмета доработки выбрана магнитола ВЭФ, которая имеет отличные электроакустические параметры. На рис. На принципиальной схеме эти элементы легко найти, так как после номинала этих деталей до переделки в скобках указаны номиналы этих элементов после доработки блока УКВ.

Для настройки доработанного блока УКВ без измерительных приборов определите по вспомогательному радиоприемник, имеющему FM диапазон 88… МГц , радиовещательную станцию, работающую в вашем регионе на самой высокой частоте, например ,7 МГц. Ручкой настройки доработанного радиоприемника поставьте указатель шкалы в положение 4,1 м, затем вращайте латунный сердечник катушки L4 до появления сигнала выбранной станции, определенной по вспомогательном радиоприемнику.

Добейтесь максимума приема сигнала, подстраивая конденсатор С6 и, при необходимости, вращая сердечник катушки L3.

doc, EPUB, djvu, fb2

Радиоприёмник Ленинград-002 | Радиодетали в приборах

Портативный транзисторный радиоприёмник “Ленинград-002” с осени 1974 года выпускал Ленинградский завод “Радиоприбор”. Первый отечественный переносной приёмник высшего класса ”Ленинград-002” обеспечивает высококачественное прослушивание программ радиостанций в стандартных диапазонах. Есть возможность зафиксировать настройку на три радиостанции в УКВ диапазоне. Имеются регуляторы тембров ВЧ и НЧ, переключатель речь-соло, стрелочный индикатор уровня сигнала и питания, две шкалы настройки. Есть гнёзда для подключения магнитофона на запись, электропроигрывателя, для прослушивания через усилитель приёмника, акустической системы, внешней антенны, а так же заземления и головных телефонов. Радиоприёмник собран на 36 транзисторах и одной микросхеме. Его деревянный корпус облицован шпоном ценных пород дерева, передняя и задняя стенки изготовлены из полистирола. Масса радиоприёмника без элементов питания 9 кг.

Технические характеристики радиоприёмника Ленинград-002

Диапазоны принимаемых волн (частот):
Длинные волны (ДВ) — 2000,0 … 735,3 м (150 … 408 кГц).
Средние волны (СВ 1) —571,4 … 230,0 м (525 … 1300 кГц).
Средние волны (СВ2) —230,0 … 186,9 м (1300 … 1605 кГц).
Короткие ВОЛНЫ (КВ1) —75,9 … 48,5 м (3,95 … 6,20 МГц).
Короткие волны (КВ2) —50,5 … 48,4 м (5,95 … 6,25 МГц).
Короткие волны (КВЗ) —42,5 … 40,6 м (7,07 … 7,38 МГц).
Короткие волны (КВ4) — 32.0 … 30,6 м (9,35 … 9,85 МГц).
Короткие волны (КВ5) —25,5 … 24,6 м (11,6 … 12,1 МГц).
Ультракороткие волны (УКВ)—4,56… 4,11 м (65,8…73,0 МГц).
Реальная чувствительность приемника при приеме на внутреннюю магнитную антенну, не хуже: в диапазоне ДВ — 0,8 мВ/м, в диапазонах СВ1, СВ2 — 0,5 мВ/м.

Реальная чувствительность приемника с выдвижной телескопической антенной, не хуже:
в диапазонах КВ1 … КВ5— 150 мкВ/м, в диапазоне УКВ— 10 мкВ/м.

Избирательность (при расстройке на -10 кГц), не менее 50 дБ.

Полоса воспроизведения звуковых частот при работе на внутренний громкоговоритель:
в диапазонах длинных, средних и коротких воли при включенной кнопке узкая полоса УП — 80 … 2400 Гц,
в диапазонах длинных, средних и коротких воли при включенной кнопке широкая полоса ШП — 80 … 4000 Гц,
в диапазонах длинных и средних волн при включенной кнопке местный прием МП —,80 … 6300 Гц,
в ультракоротковолновом диапазоне УКВ—80 … 12500 Гц.

Ценные радиодетали в радиоприёмнике Ленинград-002

Конденсаторы:
Конденсаторы КМ5 зеленые общая группа – 3,1 г;
Конденсаторы К10-7В флажки – 25,0 г.

Транзисторы:
Транзисторы КТ201 и аналоги желтые – 9 шт;
Транзисторы КТ315 – 7 шт.

Металлы:
Посеребренка – 5,5 г
Медь – 150 г
Алюминий – 1250 г
Сталь – 1500 г
Платы – 350 г

Содержание драгоценных металлов в радиоприёмнике Ленинград-002

Золото : 0,135;
Серебро : 0,428;
Платина : 0,000;
МПГ : 0,089.
Примечание : по справочнику: “Содержание драгоценных металлов в электротехнических изделиях, аппаратуре связи, контрольно-измерительных приборах, кабельной продукции, электронной и бытовой технике. Информационный справочник в шести частях. Часть 6. Электронная и бытовая техника. – 2-е изд., перераб. и доп. -М.: ООО “Связьоценка”, 2003″

Схема, техническое описание, инструкция по эксплуатации

Инструкции по эксплуатации радиоприёмника Ленинград-002
Инструкция по ремонту радиоприёмника Ленинград-002

Фотографии радиоприёмника Ленинград-002

Поделиться ссылкой:

Понравилось это:

Нравится Загрузка…

Похожее

% PDF-1.6
%
1116 0 объект>
эндобдж

xref
1116 149
0000000016 00000 н.
0000005388 00000 п.
0000005597 00000 н.
0000005642 00000 н.
0000005771 00000 п.
0000006171 00000 п.
0000006512 00000 н.
0000007909 00000 н.
0000009125 00000 н.
0000010259 00000 п.
0000011434 00000 п.
0000012847 00000 п.
0000014262 00000 п.
0000014396 00000 п.
0000014451 00000 п.
0000015774 00000 п.
0000017112 00000 п.
0000025690 00000 п.
0000030491 00000 п.
0000031117 00000 п.
0000031641 00000 п.
0000031917 00000 п.
0000031985 00000 п.
0000032136 00000 п.
0000032164 00000 п.
0000034693 00000 п.
0000034948 00000 н.
0000035062 00000 п.
0000035174 00000 п.
0000035248 00000 п.
0000035324 00000 п.
0000035491 00000 п.
0000035636 00000 п.
0000035679 00000 п.
0000035835 00000 п.
0000035980 00000 п.
0000036065 00000 п.
0000036108 00000 п.
0000036208 00000 п.
0000036306 00000 п.
0000036349 00000 п.
0000036449 00000 п.
0000036492 00000 п.
0000036591 00000 п.
0000036634 00000 п.
0000036736 00000 п.
0000036779 00000 п.
0000036876 00000 п.
0000036919 00000 п.
0000037025 00000 п.
0000037067 00000 п.
0000037159 00000 п.
0000037201 00000 п.
0000037244 00000 п.
0000037354 00000 п.
0000037397 00000 п.
0000037504 00000 п.
0000037547 00000 п.
0000037650 00000 п.
0000037693 00000 п.
0000037805 00000 п.
0000037848 00000 п.
0000037891 00000 п.
0000038026 00000 п.
0000038070 00000 п.
0000038200 00000 н.
0000038367 00000 п.
0000038452 00000 п.
0000038496 00000 п.
0000038631 00000 п.
0000038720 00000 п.
0000038764 00000 п.
0000038862 00000 п.
0000039004 00000 п.
0000039093 00000 п.
0000039137 00000 п.
0000039245 00000 п.
0000039386 00000 п.
0000039476 00000 п.
0000039520 00000 п.
0000039622 00000 н.
0000039666 00000 п.
0000039710 00000 п.
0000039754 00000 п.
0000039861 00000 п.
0000039905 00000 н.
0000039949 00000 н.
0000039993 00000 н.
0000040112 00000 п.
0000040156 00000 п.
0000040200 00000 н.
0000040244 00000 п.
0000040352 00000 п.
0000040396 00000 п.
0000040500 00000 н.
0000040647 00000 п.
0000040753 00000 п.
0000040797 00000 п.
0000040908 00000 п.
0000040952 00000 п.
0000040996 00000 п.
0000041040 00000 п.
0000041156 00000 п.
0000041200 00000 п.
0000041244 00000 п.
0000041338 00000 п.
0000041382 00000 п.
0000041480 00000 п.
0000041524 00000 п.
0000041568 00000 п.
0000041668 00000 п.
0000041711 00000 п.
0000041852 00000 п.
0000041943 00000 п.
0000041987 00000 п.
0000042080 00000 п.
0000042200 00000 п.
0000042244 00000 п.
0000042353 00000 п.
0000042397 00000 п.
0000042548 00000 н.
0000042658 00000 п.
0000042702 00000 п.
0000042808 00000 п.
0000042980 00000 п.
0000043067 00000 п.
0000043111 00000 п.
0000043211 00000 п.
0000043362 00000 п.
0000043473 00000 п.
0000043516 00000 п.
0000043616 00000 п.
0000043729 00000 п.
0000043772 00000 п.
0000043816 00000 п.
0000043859 00000 п.
0000043903 00000 п.
0000044001 00000 п.
0000044045 00000 п.
0000044089 00000 п.
0000044133 00000 п.
0000044245 00000 п.
0000044289 00000 п.
0000044333 00000 п.
0000044377 00000 п.
0000044421 00000 п.
0000044464 00000 п.
0000005193 00000 н.
0000003347 00000 н.
трейлер
] >>
startxref
0
%% EOF

1264 0 obj> поток
xV sSU> G) JҔC ۥ $, BB ش M @ t_ (Z
֦ P * [WZ @ t * 2.\ ~ isw9 ߹%

(PDF) Физические атрибуты почвы в системах долгосрочного управления почвами (обработка почвы и нулевая обработка почвы)

jas.ccsenet.org Journal of Agricultural Science Vol. 12, № 4; 2020

205

Loss, A., Pereira, M. G., Schultz, N., Ferreira, E. P., Silva, E. M. R., & Beutler, S. J. (2009). Distribuição dos

agregados e carbono orgânico influenciados por manejos agroecológicos. Acta Scientiarum-Agronomy, 31,

523-528. https://doi.org/10.4025 / actasciagron.v31i3.322

Мазетто Джуниор, Дж. К., Торрес, Дж. Л. Р., Коста, Д. Д. Д., Сильва, В. Р., Соуза, З. М., и Лемес, Э. М. (2019).

Производство и разложение пожнивных остатков покровных культур и ассоциаций с органическими фракциями почвы. Журнал

сельскохозяйственных наук, 11 (5), 1-17. https://doi.org/10.5539/jas.v11n5p58

Макфи, Дж. Э., Эйрд, П. Л., Харди, М. А., и Коркри, С. Р. (2015). Влияние регулируемого движения на физические свойства

почвы и требования к обработке почвы при выращивании овощей.Исследование обработки почвы, 149, 33-45.

https://doi.org/10.1016/j.still.2014.12.018

Мишелон, К. Дж., Карлессо, Р., Петри, М. Т., Дэвид, Г., и Санта, К. Л. (2007). Qualidade física de Solos irrigados

do estado do Rio Grande do Sul. Ciência Rural, 37 (5), 1308-1315. https://doi.org/10.1590/S0103-84782

007000500014

Мораес, М. Т., Дебиаси, Х., Карлессо, Р., Франчини, Дж. К., Сильва, В. Р., и Луз, Ф. Б. (2016). Физическое качество почвы

в системах обработки почвы и земледелия через два десятилетия в субтропическом регионе Бразилии.Исследование почвы,

155, 351-362. https://doi.org/10.1016/j.still.2015.07.015

Ордоньес-Моралес, К. Д., Кадена-Сапата, М., Зерменьо-Гонсалес, А., и Кампос-Маганья, С. (2019). Влияние систем обработки почвы

на физические свойства глинистой почвы под овсом. Сельское хозяйство, 9 (3), 62.

https://doi.org/10.3390/agriculture

62

Пезарико, К. Р., Виторино, А. К. Т., Мерканте, Ф. М., и Даниэль, О. (2013). Indicadores de qualidade do solo em

sistemas agroflorestais.Revista Ciência Agronômica, 56, 40-7. https://doi.org/10.4322/rca.2013.004

Пиньейру, Э. Ф. М., Перейра, М. Г., и Аньос, Л. Х. К. (2004). Распределение агрегатов и органическое вещество почвы

при различных системах обработки почвы для овощных культур в Red Latosol из Бразилии. Исследование почвы, 77,

79-84. https://doi.org/10.1016/j.still.2003.11.005

Ралиш, Р., Миранда, Т.М., Окумура, Р.С., Барбоза, Г.М.С., Гимарайнш, М.Ф., Скопел, Э., и Балбино, Л.С.

(2008). Сопротивление проникновению в ум Latossolo Vermelho Amarelo do Cerrado sob Diferentes sistemas de

manejo. Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, 12 (4), 381-384. https://doi.org/

10.1590 / S1415-43662008000400008

Райхерт, Дж. М., Судзуки, Л. Е. А. С., Райнерт, Д. Дж., Хорн, Р., и Хоканссон, И. (2009). Базовая насыпная плотность и критическая степень уплотнения

для нулевой обработки почвы на субтропических сильно выветренных почвах.Обработка почвы

Research, 102, 242-254. https://doi.org/10.1016/j.still.2008.07.002

Райнерт, Д. Дж., Альбукерке, Дж. А., Райхерт, Дж. М., Аита, К. и Андрада, М. М. С. (2008). Пределы критико-де-

densidade do Sol Para o crescimento de raízes de plantas de cobertura em Argissolo Vermelho. Revista

Brasileira de Ciências do Solo, 32, 1805–1816. https://doi.org/10.1590/S0100-06832008000500002

Рейс, Д. А., Лима, К. Л. Р., и Бамберг, А.Л. (2016). Qualidade física e frações da matéria orgânica de um

Planossolo sob sistema plantio direto. Pesquisa Agropecuária Brasileira, 51 (9), 1623–1632. https://doi.org/

10.1590 / s0100-204×2016000

2

Родригес, М., Рабело, Ф. Х. С., Кастро, Х. А., Роборедо, Д., Карвалью, М. А. К., и Роке, К. Г. (2018).

Cultivo mínimo é o sistema recomendado para Introduction da Brachiaria brizantha em Latossolo na

Amazônia. Revista Ciência Agronômica, 61, 2-7.https://doi.org/10.22491/rca.2018.2808

Россетти, К. В., Андриоли, И., Центурион, Дж. Ф., Матиас, С. С. Р., Нобрега, Дж. К. А. (2012). Физические атрибуты до

соло в различных условиях растительного покрова в зоне планирования. Revista Brasileira de Ciências

Agrárias, 7 (3), 426-432. https://doi.org/10.5039/agraria.v7i3a1681

Са, Дж. К. М., Черри, К. К., Пикколо, М. К., Фейгл, Б. Э., Форнари, А., Са, М. Ф. М.,… Пауллети, В. (2004). Планировка

находится в непосредственной близости от системы производства продукции или секвестра карбоно.Plantio Direto, 84, 45-61.

Сантос, Ф. С., Занан Джуниор, Л. А., Секко, Д., Диас, П. П., Томассони, Ф., и Перейра, Н. (2014). A utilização de

plantas de cobertura na recuperação de solos compactados. Акта Игуасу, 3, 82-91.

Сантос, Х. Г., Жакомин, П. К. Т., Аньос, Л. Х. К., Оливейра, В. А., Лумбрерас, Дж. Ф., Коэльо, М. Р.,… Оливейра, Дж.

Б. (2013). Sistema brasileiro de classificação de solos (3-е изд.). Эмбрапа, Бразилиа.

Сен, М., Вепраскас, М. Дж., Надерман, Г. К., и Дентон, Х. П. (1985). Зависимость текстуры и структуры почвы

от реакции урожая кукурузы на недоразвитие. Журнал Общества почвоведов Америки, 49, 422-427. https://doi.org/

10.2136 / sssaj1985.03615995004

0030x

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.


Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно.Ниже приведены наиболее частые причины:

  • В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
  • Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались.
    Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, нажмите кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
  • Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
  • Дата на вашем компьютере в прошлом.Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г.,
    браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
  • Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie.
    Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу.Чтобы предоставить доступ без файлов cookie
потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.


Что сохраняется в файле cookie?

Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

Как правило, в файле cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта.Например, сайт
не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к
остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

На пути к полному каталогу проверенных и связанных с мишенью человеческих энхансеров

  • 1.

    Джейкоб Ф. и Монод Дж. Генетические регуляторные механизмы в синтезе белков. J. Mol. Биол. 3 , 318–356 (1961).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 2.

    Пташне М. Специфическое связывание репрессора фага λ с ДНК λ. Nature 214 , 232–234 (1967).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 3.

    Axel, R., Cedar, H. & Felsenfeld, G. Синтез глобин-рибонуклеиновой кислоты из хроматина ретикулоцитов утки in vitro. Proc. Natl Acad. Sci. США 70 , 2029–2032 (1973).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 4.

    Weintraub, H. & Groudine, M. Хромосомные субъединицы в активных генах имеют измененную конформацию. Science 193 , 848–856 (1976).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 5.

    Stalder, J. et al. Тканевые расщепления ДНК в глобиновом домене хроматина, введенные ДНКазой I. Cell 20 , 451–460 (1980).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 6.

    Moreau, P. et al. Повторение репарации 72 оснований SV40 оказывает поразительное влияние на экспрессию генов как в SV40, так и в других химерных рекомбинантах. Nucleic Acids Res. 9 , 6047–6068 (1981).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 7.

    Banerji, J., Rusconi, S. & Schaffner, W. Экспрессия гена β-глобина усиливается удаленными последовательностями ДНК SV40.Cell 27 , 299–308 (1981). Это первое эписомальное наблюдение активности энхансера in vitro, в этой работе был введен термин «энхансер» .

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 8.

    Mercola, M., Wang, X., Olsen, J. & Calame, K. Элементы энхансера транскрипции в локусе тяжелой цепи иммуноглобулина мыши. Science 221 , 663–665 (1983).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 9.

    Banerji, J., Olson, L. & Schaffner, W. Специфический для лимфоцитов клеточный энхансер расположен ниже присоединяющейся области в генах тяжелой цепи иммуноглобулина. Cell 33 , 729–740 (1983).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 10.

    Gillies, S. D., Morrison, S. L., Oi, V. T. & Tonegawa, S. Тканеспецифический элемент энхансера транскрипции расположен в главном интроне реаранжированного гена тяжелой цепи иммуноглобулина.Cell 33 , 717–728 (1983).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 11.

    Ханахан Д. Наследственное образование опухолей β-клеток поджелудочной железы у трансгенных мышей, экспрессирующих онкогены рекомбинантного инсулина / обезьяньего вируса 40. Nature 315 , 115–122 (1985).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 12.

    Туан Д., Соломон В., Ли, К. и Лондон, И.М. Домен гена «β-подобного глобину» в эритроидных клетках человека. Proc. Natl Acad. Sci. 82 , 6384–6388 (1985).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 13.

    Гросс, Д. С. и Гаррард, У. Т. Нуклеазные гиперчувствительные сайты в хроматине. Анну. Rev. Biochem. 57 , 159–197 (1988).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 14.

    Hebbes, T. R., Thorne, A. W. и Crane-Robinson, C. Прямая связь между ацетилированием гистона ядра и транскрипционно активным хроматином. EMBO J. 7 , 1395–1402 (1988).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 15.

    Ли Д. Ю., Хейс Дж. Дж. Дж., Прусс Д. и Вольф А. П. Положительная роль ацетилирования гистонов в доступе факторов транскрипции к нуклеосомной ДНК. Cell 72 , 73–84 (1993).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 16.

    Hebbes, T. R., Clayton, A. L., Thorne, A. W. и Crane-Robinson, C. Гиперацетилирование ядра гистона совместно картируется с общей чувствительностью к ДНКазе I в хромосомном домене куриного β-глобина. EMBO J. 13 , 1823–1830 (1994).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 17.

    Серфлинг, Э., Джасин, М. и Шаффнер, В. Энхансеры и транскрипция эукариотических генов. Тенденции Genet. 1 , 224–230 (1985).

    CAS

    Google ученый

  • 18.

    Икута Т. и Кан, Ю. В. Взаимодействия белок-ДНК in vivo в локусе гена β-глобина. Proc. Natl Acad. Sci. USA 88 , 10188–10192 (1991).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 19.

    Forsberg, M. & Westin, G. Активация энхансера одним типом фактора транскрипции показывает зависимость от типа клеток. EMBO J. 10 , 2543–2551 (1991).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 20.

    Пташне М. Регуляция генов белками, действующими поблизости и на расстоянии. Nature 322 , 697–701 (1986).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 21.

    Müeller-Storm, H.P., Sogo, J.M. & Schaffner, W. Энхансер стимулирует транскрипцию в транс, когда присоединяется к промотору через белковый мостик.Cell 58 , 767–777 (1989).

    PubMed

    Google ученый

  • 22.

    Van der Ploeg, L.H. T. et al. Исследования γ-β-талассемии показывают, что делеция γ- и δ-генов влияет на экспрессию гена β-глобина у человека. Nature 283 , 637–642 (1980).

    PubMed

    Google ученый

  • 23.

    Kioussis, D., Vanin, E., deLange, T., Flavell, R.A., Grosveld, F.G. Инактивация гена β-глобина путем транслокации ДНК при γβ-талассемии. Nature 306 , 662–666 (1983).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 24.

    Дрисколл, М. С., Добкин, С. С. и Альтер, Б. П. γδβ-талассемия, вызванная мутацией de novo, удаляющей участки гиперчувствительности области активации гена 5β-глобина. Proc. Natl Acad. Sci. 86 , 7470–7474 (1989).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 25.

    Филипсен, С., Талбот, Д., Фрейзер, П. и Гросвельд, Ф. Доминантная контролируемая область β-глобина: гиперчувствительный сайт 2. EMBO J. 9 , 2159–2167 (1990).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 26.

    Talbot, D., Philipsen, S., Fraser, P. & Grosveld, F. Подробный анализ области сайта 3 доминирующей контрольной области β-глобина человека. EMBO J. 9 , 2169–2177 (1990).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 27.

    Grosveld, F. et al. Регуляция переключения генов глобина человека. Филос. Пер. R. Soc. Лондон. B Biol. Sci. 339 , 183–191 (1993).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 28.

    Moon, A. M. & Ley, T. J. Сохранение первичной структуры, организации и функции участков, активирующих β-глобиновый локус человека и мыши. Proc. Natl Acad. Sci. США 87 , 7693–7697 (1990).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 29.

    Марго, Дж. Б., Демерс, Г. В. и Хардисон, Р. С. Полная нуклеотидная последовательность кластера генов β-подобных глобинов кролика: анализ межгенных последовательностей и сравнение с кластером генов β-подобных глобинов человека. J. Mol. Биол. 205 , 15–40 (1989).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 30.

    Ли, К., Чжоу, Б., Пауэрс, П., Энвер, Т., Стаматояннопулос, Г. Первичная структура контрольной области β-глобинового локуса козы.Genomics 9 , 488–499 (1991).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 31.

    Reitman, M. & Felsenfeld, G. Регуляция развития сайтов топоизомеразы II и сайтов гиперчувствительности к ДНКазе I в курином β-глобиновом локусе. Мол. Клетка. Биол. 10 , 2774–2786 (1990).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 32.

    Dunham, I.и другие. Последовательность ДНК хромосомы человека 22. Nature 402 , 489–495 (1999).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 33.

    Международный консорциум по секвенированию генома человека. Начальная последовательность и анализ человеческого генома. Nature 409 , 860–921 (2001).

    Google ученый

  • 34.

    Hardison, R.C., Oeltjen, J. & Miller, W. Длинные сопоставления последовательностей человека и мыши выявляют новые регуляторные элементы: причина для секвенирования генома мыши.Genome Res. 7 , 959–966 (1997).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 35.

    Loots, G. G. et al. Идентификация регулятора координат интерлейкинов 4, 13 и 5 путем сравнения последовательностей между видами. Science 288 , 136–140 (2000). Это исследование идентифицирует некодирующие области, регулирующие несколько генов интерлейкинов, путем сравнения 1 Mb ортологичных последовательностей мыши и человека. Глобальное применение этой стратегии было одним из ключевых мотивов для секвенирования генома мыши .

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 36.

    Hardison, R. C. Консервативные некодирующие последовательности являются надежными указателями регуляторных элементов. Тенденции Genet. 16 , 369–372 (2000).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 37.

    Pennacchio, L. A. & Rubin, E. M. Геномные стратегии для идентификации регуляторных последовательностей млекопитающих. Nat. Преподобный Жене. 2 , 100–109 (2001).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 38.

    Нобрега М. А., Овчаренко И., Афзал В. и Рубин Е. М. Сканирование пустынь человеческих генов на предмет энхансеров дальнего действия. Наука 302 , 413 (2003).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 39.

    Pennacchio, L.A. et al. Энхансерный анализ человеческих консервативных некодирующих последовательностей in vivo. Природа 444 , 499–502 (2006).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 40.

    Консорциум по секвенированию генома мышей и соавт. Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши. Природа 420 , 520–562 (2002).

    Google ученый

  • 41.

    Dermitzakis, E. T. et al. Многочисленные потенциально функциональные, но негенные консервативные последовательности на хромосоме 21 человека. Природа 420 , 578–582 (2002).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 42.

    Sabo, P.J. et al. Картирование чувствительности к ДНКазе I in vivo в масштабе генома с использованием мозаичных ДНК-микрочипов. Nat. Методы 3 , 511–518 (2006).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 43.

    Boyle, A. P. et al. Картирование и характеристика открытого хроматина в геноме с высоким разрешением. Cell 132 , 311–322 (2008).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 44.

    Hesselberth, J. R. et al. Глобальное картирование взаимодействий белок-ДНК in vivo с помощью цифрового геномного следа. Nat. Методы 6 , 283–289 (2009).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 45.

    Thurman, R.E. et al. Доступный хроматиновый ландшафт генома человека.Природа 489 , 75–82 (2012).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 46.

    Laurent, L. et al. Динамические изменения метилома человека при дифференцировке. Genome Res. 20 , 320–331 (2010).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 47.

    Lister, R. et al. Метиломы ДНК человека при базовом разрешении демонстрируют широко распространенные эпигеномные различия.Природа 462 , 315–322 (2009).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 48.

    Cokus, S.J. et al. Бисульфитное секвенирование генома арабидопсиса выявляет паттерн метилирования ДНК. Nature 452 , 215–219 (2008).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 49.

    Barski, A. et al. Профилирование метилирования гистонов в геноме человека с высоким разрешением.Ячейка 129 , 823–837 (2007).

    CAS

    Google ученый

  • 50.

    Mikkelsen, T. S. et al. Полногеномные карты состояния хроматина в плюрипотентных и коммитированных клетках. Nature 448 , 553–560 (2007).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 51.

    Heintzman, N. D. et al. Четкие и предсказуемые сигнатуры хроматина промоторов и энхансеров транскрипции в геноме человека.Nat. Genet. 39 , 311–318 (2007). Это исследование обеспечивает одно из первых применений наборов данных биохимических аннотаций по всему геному для аннотирования кандидатов в энхансеры .

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 52.

    Robertson, G. et al. Полногеномные профили ассоциации ДНК STAT1 с использованием иммунопреципитации хроматина и массового параллельного секвенирования. Nat. Методы 4 , 651–657 (2007).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 53.

    Джонсон, Д. С., Мортазави, А., Майерс, Р. М. и Уолд, Б. Полногеномное картирование взаимодействий белок-ДНК in vivo. Science 316 , 1497–1502 (2007).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 54.

    Visel, A. et al. ChIP-seq точно предсказывает тканеспецифическую активность энхансеров. Nature 457 , 854–858 (2009).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 55.

    Shendure, J. et al. Секвенирование ДНК в 40 лет: прошлое, настоящее и будущее. Природа 550 , 345–353 (2017).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 56.

    De Santa, F. et al. Большая часть сайтов транскрипции экстрагенной РНК pol II перекрывается энхансерами. PLoS Biol. 8 , e1000384 (2010).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 57.

    Ким, Т.-К. и другие. Широко распространенная транскрипция энхансеров, регулирующих активность нейронов. Природа 465 , 182–187 (2010).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 58.

    Andersson, R. et al. Атлас активных энхансеров для разных типов клеток и тканей человека. Природа 507 , 455–461 (2014). В этой статье сообщается об интегрированном анализе наборов данных кэп-анализа экспрессии генов (CAGE) для сотен типов клеток и тканей, выполненного для создания биохимических аннотаций тысяч энхансеров, специфичных для определенного типа клеток, по их сигнатурам двунаправленной транскрипции .

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 59.

    Core, L. J. et al. Анализ формирующейся РНК определяет единую архитектуру инициирующих областей на промоторах и энхансерах млекопитающих. Nat. Genet. 46 , 1311–1320 (2014).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 60.

    Консорциум проекта ENCODE. Интегрированная энциклопедия элементов ДНК в геноме человека.Природа 489 , 57–74 (2012). В этом отчете обобщен объем данных, собранных Консорциумом ENCODE. Сотни полногеномных наборов данных используются для сотен типов клеток и тканей, чтобы приписать функцию большей части генома с помощью биохимической аннотации .

    Google ученый

  • 61.

    Roadmap Epigenomics Consortium et al. Интегративный анализ 111 эталонных эпигеномов человека. Природа 518 , 317–330 (2015).

    PubMed Central

    Google ученый

  • 62.

    Штунненберг, Х. Г., Международный консорциум эпигенома человека и Херст, М. Международный консорциум эпигенома человека: план научного сотрудничества и открытий. Ячейка 167 , 1897 (2016).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 63.

    Arner, E. et al. Транскрибируемые энхансеры создают волны скоординированной транскрипции в переходных клетках млекопитающих.Наука 347 , 1010–1014 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 64.

    ENCODE Project. ЭКРАН: поиск возможных регуляторных элементов с помощью ENCODE. Проект ENCODE http://screen.encodeproject.org/index/about (2019).

  • 65.

    Maurano, M. T. et al. Систематическая локализация общих вариаций в регуляторной ДНК, связанных с заболеванием. Science 337 , 1190–1195 (2012).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 66.

    Спонсоры проектов Викимедиа. Слепые люди и слон — Википедия (Фонд Викимедиа, Inc., 2006).

  • 67.

    Patwardhan, R.P. et al. Массивно-параллельное функциональное вскрытие энхансеров млекопитающих in vivo. Nat. Biotechnol. 30 , 265–270 (2012). Наряду с Мельниковым и соавт. (2012), это исследование является первым применением MPRA к энхансерным последовательностям .

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 68.

    Spitz, F. & Furlong, E. E. M. Факторы транскрипции: от связывания энхансера до контроля развития. Nat. Преподобный Жене. 13 , 613–626 (2012).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 69.

    Шлюева Д., Стампфель Г. и Старк А. Усилители транскрипции: от свойств до предсказаний для всего генома.Nat. Преподобный Жене. 15 , 272–286 (2014).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 70.

    Блэквуд, Э. М. и Кадонага, Дж. Т. На расстояние: современный взгляд на действие энхансеров. Science 281 , 60–63 (1998).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 71.

    Li, L. & Wunderlich, Z. Длина и состав энхансера определяются его регуляторной задачей.Передний. Genet. 8 , 63 (2017).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 72.

    Gasperini, M. et al. Полногеномная структура для картирования регуляции генов с помощью клеточного генетического скрининга. Cell 176 , 377–390 (2019).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 73.

    Smedley, D. et al. Структура полногеномного анализа для эффективной идентификации патогенных регуляторных вариантов при менделевской болезни.Являюсь. J. Hum. Genet. 99 , 595–606 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 74.

    Corradin, O. & Scacheri, P.C. Варианты энхансеров: оценка функций при общем заболевании. Genome Med. 6 , 85 (2014).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 75.

    Gjoneska, E. et al. Консервированные эпигеномные сигналы у мышей и людей раскрывают иммунную основу болезни Альцгеймера.Nature 518 , 365–369 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 76.

    Whyte, W. A. ​​et al. Основные факторы транскрипции и медиатор создают суперэнхансеры в ключевых генах клеточной идентичности. Ячейка 153 , 307–319 (2013).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 77.

    Wang, X. et al. Функциональное рассечение транскрипционных регуляторных областей и нуклеотидов с высоким разрешением по всему геному у человека.Nat. Commun. 9 , 5380 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 78.

    Ghavi-Helm, Y. et al. Сильно перестроенные хромосомы обнаруживают несвязанность между топологией генома и экспрессией генов. Nat. Genet. 51 , 1272–1282 (2019).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 79.

    Zabidi, M. A. et al. Специфичность энхансера, ядра и промотора разделяет регуляцию онтогенетического и домашнего хозяйства.Nature 518 , 556–559 (2015). STARR-seq, использующий разные классы промоторов в D. melanogaster , показывает, что энхансеры часто не работают по типу промоторов .

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 80.

    Dorighi, K. M. et al. Mll3 и Mll4 способствуют синтезу энхансерной РНК и транскрипции с промоторов независимо от монометилирования h4K4. Мол. Ячейка 66 , 568–576.e4 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 81.

    Rickels, R. et al. Монометилирование гистона h4K4, катализируемое Trr и COMPASS-подобными белками млекопитающих в энхансерах, необязательно для развития и жизнеспособности. Nat. Genet. 49 , 1647–1653 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 82.

    Кусанович, Д.A. et al. Мультиплексное профилирование отдельных клеток доступности хроматина с помощью комбинаторной клеточной индексации. Наука 348 , 910–914 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 83.

    Buenrostro, J. D. et al. Доступность одноклеточного хроматина раскрывает принципы регуляторной изменчивости. Природа 523 , 486–490 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 84.

    Иген, К. П. Принципы архитектуры хромосом, выявленные Hi-C. Trends Biochem. Sci. 43 , 469–478 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 85.

    Иноуэ, Ф. и Ахитув, Н. Расшифровка энхансеров с использованием массово-параллельных репортерных анализов. Геномика 106 , 159–164 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 86.

    Кляйн, Дж. К., Чен, В., Гасперини, М. и Шендуре, Дж. Выявление новых энхансерных элементов с помощью экранов на основе CRISPR. ACS Chem. Биол. 13 , 326–332 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 87.

    Хниш, Д., Дэй, Д. С. и Янг, Р. А. Изолированные кварталы: структурные и функциональные единицы контроля генов млекопитающих. Ячейка 167 , 1188–1200 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 88.

    Maricque, B. B., Chaudhari, H. G. & Cohen, B. A. Массовый параллельный репортерный анализ анализирует влияние структуры хроматина на цис-регуляторную активность. Nat. Biotechnol. 37 , 90–95 (2019).

    CAS

    Google ученый

  • 89.

    Хайнц, С., Романоски, К. Э., Беннер, С. и Гласс, К. К. Выбор и функция энхансеров, специфичных для определенного типа клеток. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 16 , 144–154 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 90.

    Dixon, J. R. et al. Реорганизация архитектуры хроматина при дифференцировке стволовых клеток. Nature 518 , 331–336 (2015). Это исследование демонстрирует убедительное использование карт контактов Hi-C для изучения динамики взаимодействий энхансер-промотор посредством клеточной дифференцировки .

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 91.

    Thanos, D. & Maniatis, T. Для индукции экспрессии человеческого гена IFNβ вирусом требуется сборка энхансом. Ячейка 83 , 1091–1100 (1995).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 92.

    Симеонов Д. Р. и др. Открытие реагирующих на стимуляцию иммунных энхансеров с активацией CRISPR. Nature 549 , 111–115 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 93.

    Ray, J. et al. Конформация хроматина остается стабильной при обширных транскрипционных изменениях, вызванных тепловым шоком. Proc. Natl Acad. Sci. США 116 , 19431–19439 (2019).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 94.

    Фуда, Н. Дж., Ардехали, М. Б. и Лис, Дж. Т. Определение механизмов, которые регулируют транскрипцию РНК-полимеразы II in vivo. Nature 461 , 186–192 (2009).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 95.

    Juven-Gershon, T., Cheng, S. & Kadonaga, J. T. Рациональный дизайн суперкорового промотора, который усиливает экспрессию генов. Nat. Методы 3 , 917–922 (2006).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 96.

    Chen, F. X. et al. PAF1 регуляция высвобождения проксимальной от промотора паузы посредством активации энхансера. Наука 357 , 1294–1298 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 97.

    Engreitz, J. M. et al. Локальная регуляция экспрессии генов промоторами днРНК, транскрипция и сплайсинг. Природа 539 , 452–455 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 98.

    Мураками, С., Нагари, А. и Краус, В. Л. Динамическая сборка и активация энхансеров рецептора эстрогена α посредством переключения корегулятора. Гены. Dev. 31 , 1535–1548 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 99.

    Gosselin, D. et al. Зависящая от окружающей среды транскрипционная сеть определяет идентичность микроглии человека. Наука 356 , eaal3222 (2017).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 100.

    Vihervaara, A. et al. Транскрипционный ответ на стресс заранее запрограммирован архитектурой промотора и энхансера. Nat. Commun. 8 , 255 (2017).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 101.

    Iwafuchi-Doi, M. et al. Первый фактор транскрипции foxa поддерживает доступную конфигурацию нуклеосом в энхансерах для тканеспецифической активации генов. Мол. Cell 62 , 79–91 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 102.

    Ферлонг, Э. М. и Левин, М. Усилители развития и топология хромосом. Наука 361 , 1341–1345 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 103.

    Calo, E. & Wysocka, J. Модификация хроматина энхансера: что, как и почему? Мол. Ячейка 49 , 825–837 (2013).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 104.

    Lindblad-Toh, K. et al. Карта с высоким разрешением эволюционных ограничений человека с использованием 29 млекопитающих. Природа 478 , 476–482 (2011).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 105.

    Fulco, C.P. et al. Систематическое картирование функциональных связей энхансер-промотор с интерференцией CRISPR. Наука 354 , 769–773 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 106.

    Henriques, T. et al. Широко распространенная транскрипционная пауза и контроль удлинения энхансеров. Genes Dev. 32 , 26–41 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 107.

    Квасниески, Дж. К., Фиоре, К., Чаудхари, Х. Г. и Коэн, Б. А. Функциональное тестирование с высокой пропускной способностью для предсказаний сегментации ENCODE. Genome Res. 24 , 1595–1602 (2014).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 108.

    Muerdter, F. et al. Устранение систематических ошибок в широко используемых анализах активности энхансеров в клетках человека. Nat. Методы 15 , 141–149 (2018).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 109.

    Rao, S. S. P. et al. Трехмерная карта генома человека с разрешением в килобазы раскрывает принципы образования петель хроматина. Ячейка 159 , 1665–1680 (2014).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 110.

    Weintraub, A. S. et al. YY1 — структурный регулятор петель энхансер-промотор. Ячейка 171 , 1573–1588.e28 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 111.

    Williamson, I. et al. Передне-задние различия в топологии хроматина HoxD в развитии конечностей. Разработка 139 , 3157–3167 (2012).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 112.

    Ghavi-Helm, Y. et al. Петли энхансера кажутся стабильными во время развития и связаны с приостановленной полимеразой. Природа 512 , 96–100 (2014).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 113.

    Benabdallah, N. S. et al. Снижение близости энхансера и промотора, сопровождающее активацию энхансера. Мол. Cell 76 , 473–484 (2019).

    Google ученый

  • 114.

    Alexander, J. M. et al. Визуализация живых клеток выявляет энхансер-зависимую транскрипцию Sox2 в отсутствие близости энхансера. eLife 8 , e41769 (2019).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 115.

    Osterwalder, M. et al. Избыточность энхансеров обеспечивает фенотипическую устойчивость в развитии млекопитающих. Природа 554 , 239–243 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 116.

    Levings, P. & Bungert, J. Контрольная область локуса β-глобина человека. Евро. J. Biochem. 269 , 1589–1599 (2002).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 117.

    Hnisz, D. et al. Супер-энхансеры в контроле идентичности клеток и болезней. Ячейка 155 , 934–947 (2013).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 118.

    Lettice, L.A. et al. Энхансер Shh дальнего действия регулирует экспрессию в развивающихся конечностях и плавниках и связан с преаксиальной полидактилией. Гм. Мол. Genet. 12 , 1725–1735 (2003).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 119.

    Bahr, C. et al. Исправление автора: Кластер энхансера Myc регулирует иерархию нормальных и лейкемических гемопоэтических стволовых клеток. Природа 558 , E4 (2018).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 120.

    Haberle, V. et al. Кофакторы транскрипции проявляют специфичность для различных типов ядерных промоторов. Природа 570 , 122–126 (2019).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 121.

    Cho, S. W. et al. Промотор днРНК, гена PVT1, является пограничным элементом ДНК, подавляющим опухоль. Ячейка 173 , 1398–1412.e22 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 122.

    Cinghu, S. et al. Внутригенные энхансеры ослабляют экспрессию генов-хозяев. Мол. Ячейка 68 , 104–117.e6 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 123.

    Блоу, М. Дж. И др. ChIP-seq идентификация слабоконсервативных энхансеров сердца. Nat. Genet. 42 , 806–810 (2010).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 124.

    Schmidt, D. et al. ChIP-seq пяти позвоночных выявляет эволюционную динамику связывания транскрипционного фактора. Science 328 , 1036–1040 (2010).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 125.

    Кинг, М. К. и Уилсон, А. С. Двухуровневая эволюция человека и шимпанзе. Science 188 , 107–116 (1975).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 126.

    Danko, C.G. et al. Динамическая эволюция ансамблей регуляторных элементов в T-клетках CD4 + приматов. Nat. Ecol. Evol. 2 , 537–548 (2018).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 127.

    Кулаковский И.В. и др. HOCOMOCO: комплексная коллекция моделей сайтов связывания факторов транскрипции человека. Nucleic Acids Res. 41 , D195 – D202 (2013).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 128.

    Lambert, S. A. et al. Факторы транскрипции человека. Ячейка 172 , 650–665 (2018).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 129.

    Van Loo, P. & Marynen, P. Вычислительные методы обнаружения цис-регуляторных модулей. Краткий. Биоинформ. 10 , 509–524 (2009).

    PubMed

    Google ученый

  • 130.

    Teytelman, L., Thurtle, D. M., Rine, J. & van Oudenaarden, A. Высоко экспрессируемые локусы уязвимы для вводящей в заблуждение локализации ChIP множества неродственных белков. Proc. Natl Acad. Sci. США 110 , 18602–18607 (2013).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 131.

    Worsley Hunt, R. & Wasserman, W. W. Нецелевые мотивы факторов транскрипции являются системным компонентом наборов данных ChIP-seq. Genome Biol. 15 , 412 (2014).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 132.

    Jain, D., Baldi, S., Zabel, A., Straub, T. & Becker, P. B. Активные промоторы вызывают ложноположительные «фантомные пики» в экспериментах с ChIP-seq. Nucleic Acids Res. 43 , 6959–6968 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 133.

    Diao, Y. et al. Новый класс временно фенотипических энхансеров, выявленных с помощью CRISPR / Cas9-опосредованного генетического скрининга. Genome Res. 26 , 397–405 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 134.

    Pliner, H.A. et al. Цицерон предсказывает цис-регуляторные взаимодействия ДНК на основе данных о доступности одноклеточного хроматина.Мол. Ячейка 71 , 858–871.e8 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 135.

    Ernst, J. et al. Картирование и анализ динамики состояния хроматина в девяти типах клеток человека. Природа 473 , 43–49 (2011).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 136.

    GTEx Consortium et al. Генетические эффекты на экспрессию генов в тканях человека.Природа 550 , 204–213 (2017).

    PubMed Central

    Google ученый

  • 137.

    Strober, B.J. et al. Динамическая генетическая регуляция экспрессии генов во время клеточной дифференцировки. Наука 364 , 1287–1290 (2019).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 138.

    van der Wijst, M. G. P. et al. Секвенирование одноклеточной РНК позволяет идентифицировать цис-eQTL, специфичные для клеточного типа, и коэкспрессионные QTL.Nat. Genet. 50 , 493–497 (2018).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 139.

    Пташне М. Как работают эукариотические активаторы транскрипции. Nature 335 , 683–689 (1988).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 140.

    Шлейф Р. Петлевая ДНК. Анну. Rev. Biochem. 61, , 199–223 (1992).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 141.

    Lieberman-Aiden, E. et al. Комплексное картирование дальнодействующих взаимодействий раскрывает принципы складывания генома человека. Science 326 , 289–293 (2009).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 142.

    Деккер, Дж., Риппе, К., Деккер, М., Клекнер, Н. Определение конформации хромосом. Science 295 , 1306–1311 (2002).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 143.

    Нора, Э. П. и др. Пространственное разделение регуляторного ландшафта центра X-инактивации. Природа 485 , 381–385 (2012).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 144.

    де Лаат В. и Дубуль Д. Топология энхансеров развития млекопитающих и их регуляторные ландшафты. Природа 502 , 499–506 (2013).

    PubMed

    Google ученый

  • 145.

    Dixon, J. R. et al. Топологические домены в геномах млекопитающих, идентифицированные с помощью анализа взаимодействий хроматина. Природа 485 , 376–380 (2012).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 146.

    Sexton, T. et al. Принципы трехмерной складки и функциональной организации генома дрозофилы. Ячейка 148 , 458–472 (2012).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 147.

    Fullwood, M. J. & Ruan, Y. Методы на основе ChIP для идентификации дальнодействующих взаимодействий хроматина. J. Cell. Биохим. 107 , 30–39 (2009).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 148.

    Mumbach, M. R. et al. HiChIP: эффективный и чувствительный анализ белковой архитектуры генома. Nat. Методы 13 , 919–922 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 149.

    Fang, R. et al. Картирование дальнодействующих взаимодействий хроматина с помощью ChIP-seq. Cell Res. 26 , 1345–1348 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 150.

    млн лет назад W. et al. Мелкомасштабные карты взаимодействия хроматина раскрывают цис-регуляторный ландшафт генов lincRNA человека. Nat. Методы 12 , 71–78 (2015).

    PubMed

    Google ученый

  • 151.

    Chen, H. et al. Динамическое взаимодействие между топологией энхансер-промотор и активностью гена. Nat. Genet. 50 , 1296–1303 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 152.

    Schmitt, A. D. et al. Компендиум карт контактов хроматина показывает пространственно активные области в геноме человека. Cell Rep. 17 , 2042–2059 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 153.

    Williamson, I., Lettice, L.A., Hill, R.E. & Bickmore, W.A. Shh и совместная локализация энхансеров ZRS специфична для зоны поляризующей активности. Разработка 143 , 2994–3001 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 154.

    Gu, B. et al. Связанные с транскрипцией изменения ядерной подвижности цис-регуляторных элементов млекопитающих. Наука 359 , 1050–1055 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 155.

    Rao, S. S. P. et al. Потеря Cohesin устраняет все петлевые домены. Ячейка 171 , 305–320.e24 (2017). Быстрое истощение когезина в культивируемых клетках приводит к широко распространенной потере трехмерной организации генома с минимальными изменениями в экспрессии генов. Это заставило исследователей усомниться в важности организации генома (т. Е. Стабильных петель энхансер-промотор, как они были задуманы) .

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 156.

    Нора, Э. П. и др. Направленная деградация CTCF отделяет локальную изоляцию хромосомных доменов от геномной компартментализации. Ячейка 169 , 930–944.e22 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 157.

    Trapnell, C. Определение типов и состояний клеток с помощью одноклеточной геномики. Genome Res. 25 , 1491–1498 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 158.

    Новик А. и Вайнер М. Индукция ферментов как феномен «все или ничего». Proc. Natl Acad. Sci. USA 43 , 553–566 (1957).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 159.

    Bonn, S. et al. Тканевый анализ состояния хроматина позволяет идентифицировать временные признаки активности энхансеров во время эмбрионального развития. Nat. Genet. 44 , 148–156 (2012).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 160.

    Кусанович, Д.А. и др. Одноклеточный атлас доступности хроматина млекопитающих in vivo. Ячейка 174 , 1309–1324.e18 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 161.

    Кусанович Д. А. и др. Цис-регуляторная динамика эмбрионального развития при одноклеточном разрешении. Природа 555 , 538–542 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 162.

    Lai, B. et al. Издательская поправка: принципы организации нуклеосом, выявленные с помощью секвенирования одноклеточной микрококковой нуклеазы. Природа 564 , E17 (2018).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 163.

    Ramani, V. et al. Однокамерный Hi-C с массовым мультиплексированием. Nat. Методы 14 , 263–266 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 164.

    Flyamer, I. M. et al. Одноядерный Hi-C обнаруживает уникальную реорганизацию хроматина при переходе ооцита в зиготу. Природа 544 , 110–114 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 165.

    Nagano, T. et al. Динамика клеточного цикла хромосомной организации при одноклеточном разрешении. Nature 547 , 61–67 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 166.

    Nagano, T. et al. Одноклеточный Hi-C выявляет межклеточную изменчивость в структуре хромосом. Nature 502 , 59–64 (2013).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 167.

    Tan, L., Xing, D., Chang, C.-H., Li, H. & Xie, X. S. Трехмерные структуры генома одиночных диплоидных клеток человека. Наука 361 , 924–928 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 168.

    Lee, D. S. et al. Одновременное профилирование трехмерной структуры генома и метилирования ДНК в единичных клетках человека. Nat. Методы 16 , 999–1006 (2019).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 169.

    Rotem, A. et al. Одноклеточный ChIP-seq выявляет клеточные субпопуляции, определяемые состоянием хроматина. Nat. Biotechnol. 33 , 1165–1172 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 170.

    Хайнер, С. Дж., Бошкович, А., Макканнелл, К. Н., Рандо, О. Дж. И Фаццио, Т. Г. Профилирование факторов плюрипотентности в отдельных клетках и ранних эмбрионах. Ячейка 177 , 1319–1329 (2019).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 171.

    Benabdallah, N. S. et al. Снижение близости энхансера и промотора, сопровождающее активацию энхансера. Мол. Cell 76 , 473–484.e7 (2019).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 172.

    Фукая Т., Лим Б. и Левин М. Контроль над усилением транскрипционного взрыва. Ячейка 166 , 358–368 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 173.

    Patwardhan, R.P. et al. Анализ регуляторных элементов ДНК с высоким разрешением методом синтетического мутагенеза насыщения. Nat. Biotechnol. 27 , 1173–1175 (2009). Это исследование представляет собой первую демонстрацию MPRA, сопряженного со считыванием на основе секвенирования, используемым здесь для оценки всех возможных однонуклеотидных вариантов бактериофага и коровых промоторов млекопитающих.

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 174.

    Arnold, C.D. et al. Полногеномные количественные карты активности энхансеров, идентифицированные с помощью STARR-seq. Science 339 , 1074–1077 (2013). Это первая статья, описывающая STARR-seq, а также первый полногеномный дробовик MPRA. Количественные полногеномные карты потенциала энхансеров, созданные в двух различных клеточных линиях D. melanogaster , дают представление об общих характеристиках энхансеров и позволяют анализировать специфичность клеточного типа.

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 175.

    Гасперини, М., Старита, Л. и Шендуре, Дж. Сила мультиплексного функционального анализа генетических вариантов. Nat. Protoc. 11 , 1782–1787 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 176.

    Vockley, C.M. et al. Сайты прямого связывания GR усиливают кластеры связывания TF в геноме человека.Ячейка 166 , 1269–1281.e19 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 177.

    Vanhille, L. et al. Высокопроизводительная и количественная оценка активности энхансеров у млекопитающих с помощью CapStarr-seq. Nat. Commun. 6 , 6905 (2015).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 178.

    Кляйн, Дж. К., Кейт, А., Агарвал, В., Дарем, Т.И Шендуре, Дж. Функциональная характеристика эволюции энхансеров в линии приматов. Genome Biol. 19 , 99 (2018).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 179.

    Ulirsch, J. C. et al. Систематическое функциональное вскрытие общих генетических вариаций, влияющих на черты эритроцитов. Ячейка 165 , 1530–1545 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 180.

    Tewhey, R. et al. Прямая идентификация сотен вариантов, модулирующих экспрессию, с использованием мультиплексного репортерного анализа. Ячейка 172 , 1132–1134 (2018).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 181.

    Vockley, C.M. et al. Массовая параллельная количественная оценка регуляторных эффектов некодирующих генетических вариаций в когорте людей. Genome Res. 25 , 1206–1214 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 182.

    Klein, J. C. et al. Функциональное тестирование тысяч вариантов, связанных с остеоартритом, на предмет регулирующей активности. Nat. Commun. 10 , 2434 (2019).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 183.

    Liu, Y. et al. Функциональная оценка активности энхансеров человека с использованием полногеномного STARR-секвенирования. Genome Biol. 18 , 219 (2017).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 184.

    Мельников А. и др. Систематическое вскрытие и оптимизация индуцибельных энхансеров в клетках человека с использованием массового параллельного анализа репортеров. Nat. Biotechnol. 30 , 271 (2012). Наряду с Patwardhan et al. (2012), это исследование показывает первое применение MPRA к вариантам энхансерных последовательностей, в дополнение к введению термина «массивно-параллельный репортерный анализ» .

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 185.

    Kircher, M. et al. Насыщенный мутагенез двадцати связанных с заболеванием регуляторных элементов при разрешении одной пары оснований. Nat. Commun. 10 , 3583 (2019).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 186.

    Grossman, S. R. et al. Систематическое изучение геномных особенностей, определяющих связывание фактора транскрипции и функцию энхансера. Proc. Natl Acad. Sci. США 114 , E1291 – E1300 (2017).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 187.

    Smith, R.P. et al. Массовое параллельное декодирование регуляторных последовательностей млекопитающих поддерживает гибкую организационную модель. Nat. Genet. 45 , 1021–1028 (2013).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 188.

    van Arensbergen, J. et al. Полногеномное картирование активности автономных промоторов в клетках человека. Nat. Biotechnol. 35 , 145–153 (2017).

    PubMed

    Google ученый

  • 189.

    Гилберт Н. и Аллан Дж. Суперспирализация ДНК и хроматина. Curr. Opin. Genet. Dev. 25 , 15–21 (2014).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 190.

    Inoue, F. et al. Систематическое сравнение выявляет существенные различия в хромосомном и эписомном кодировании энхансерной активности. Genome Res. 27 , 38–52 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 191.

    Akhtar, W. et al. Эффекты положения хроматина анализируются тысячами репортеров, интегрированных параллельно. Ячейка 154 , 914–927 (2013).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 192.

    Shalem, O. et al. Скрининг нокаута CRISPR – Cas9 в масштабе генома в клетках человека. Science 343 , 84–87 (2014).

    CAS

    Google ученый

  • 193.

    Чжоу, Ю.и другие. Высокопроизводительный скрининг библиотеки CRISPR / Cas9 на предмет функциональной геномики в клетках человека. Природа 509 , 487–491 (2014).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 194.

    Ван, Т., Вей, Дж. Дж., Сабатини, Д. М., Ландер, Э. С. Генетический скрининг в клетках человека с использованием системы CRISPR – Cas9. Science 343 , 80–84 (2014).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 195.

    Canver, M.C. et al. Рассечение энхансера BCL11A посредством Cas9-опосредованного насыщающего мутагенеза in situ. Природа 527 , 192–197 (2015). Это исследование является первым скринингом на основе CRISPR для выявления функциональной некодирующей последовательности в энхансере .

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 196.

    van Overbeek, M. et al. Профилирование репарации ДНК выявляет неслучайные результаты при разрывах, опосредованных Cas9.Мол. Ячейка 63 , 633–646 (2016).

    PubMed

    Google ученый

  • 197.

    Chen, W. et al. Массовое параллельное профилирование и прогнозирующее моделирование результатов репарации двухцепочечных разрывов, опосредованной CRISPR / Cas9. Nucleic Acids Res. 47 , 7989–8003 (2019).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 198.

    Vierstra, J. et al. Функциональный отпечаток регуляторной ДНК.Nat. Методы 12 , 927–930 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 199.

    Райт, Дж. Б. и Санджана, Н. Е. CRISPR экраны для обнаружения функциональных некодирующих элементов. Тенденции Genet. 32 , 526–529 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 200.

    Korkmaz, G. et al. Функциональный генетический скрининг энхансерных элементов в геноме человека с использованием CRISPR – Cas9.Nat. Biotechnol. 34 , 192–198 (2016).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 201.

    Rajagopal, N. et al. Высокопроизводительное картирование регуляторной ДНК. Nat. Biotechnol. 34 , 167–174 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 202.

    Sanjana, N.E. et al. Исследование функциональных элементов в некодирующем геноме с высоким разрешением.Наука 353 , 1545–1549 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 203.

    Diao, Y. et al. Генетический скрининг на основе тайлинг-делеций для идентификации цис-регуляторных элементов в клетках млекопитающих. Nat. Методы 14 , 629–635 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 204.

    Гасперини, М.и другие. CRISPR / Cas9-опосредованное сканирование регуляторных элементов, необходимых для экспрессии HPRT1, с помощью тысяч больших запрограммированных делеций генома. Являюсь. J. Hum. Genet. 101 , 192–205 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 205.

    Aparicio-Prat, E. et al. DECKO: одиночная олиго, двойная CRISPR-делеция геномных элементов, включая длинные некодирующие РНК. BMC Genomics 16 , 846 (2015).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 206.

    Kosicki, M., Tomberg, K. & Bradley, A. Ремонт двунитевых разрывов, индуцированный CRISPR-Cas9, приводит к большим делециям и сложным перестройкам. Nat. Biotechnol. 36 , 765–771 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 207.

    Thakore, P. I. et al. Редактирование высокоспецифичного эпигенома репрессорами CRISPR-Cas9 для подавления дистальных регуляторных элементов. Nat. Методы 12 , 1143–1149 (2015). Это исследование представляет собой первую демонстрацию того, что инактивированный нуклеазой Cas9, привязанный к репрессору KRAB и нацеленный на энхансер, может опосредовать репрессию целевого гена .

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 208.

    Klann, T. S. et al. Редактирование эпигенома CRISPR – Cas9 обеспечивает высокопроизводительный скрининг функциональных регуляторных элементов в геноме человека. Nat. Biotechnol. 35 , 561 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 209.

    Fulco, C.P. et al. Контактная модель регуляции энхансер-промотор от тысяч нарушений CRISPR. Nat. Genet. 51 , 1664–1669 (2019).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 210.

    Kearns, N.A. et al. Функциональная аннотация нативных энхансеров слиянием Cas9-гистон-деметилазы.Nat. Методы 12 , 401–403 (2015).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 211.

    Kwon, D. Y., Zhao, Y.-T., Lamonica, J. M. & Zhou, Z. Локус-специфическое деацетилирование гистонов с использованием синтетического HDAC на основе CRISPR – Cas9. Nat. Commun. 8 , 15315 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 212.

    Лей, Ю.и другие. Направленное метилирование ДНК in vivo с использованием слитого белка dCas9 – MQ1. Nat. Commun. 8 , 16026 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 213.

    Войта А. и др. Переназначение системы CRISPR – Cas9 для целевого метилирования ДНК. Nucleic Acids Res. 44 , 5615–5628 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 214.

    Liu, X. S. et al. Редактирование метилирования ДНК в геноме млекопитающих. Ячейка 167 , 233–247.e17 (2016).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 215.

    Huang, Y.-H. и другие. Редактирование эпигенома ДНК с использованием CRISPR-cas suntag-ориентированного DNMT3A. Genome Biol. 18 , 176 (2017).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 216.

    Се, С., Дуан, Дж., Ли, Б., Чжоу, П. и Хон, Г. С. Мультиплексная инженерия и анализ комбинаторной активности энхансеров в отдельных клетках. Мол. Ячейка 66 , 285–299.e5 (2017). В этом исследовании сообщается о первом использовании одноклеточной последовательности РНК для определения пулов фенотипов потенциальных энхансерных возмущений при скрининге «полного транскриптома» .

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 217.

    Hong, J.-W., Hendrix, D.A.И Левин, М.С. Теневые усилители как источник эволюционной новизны. Наука 321 , 1314 (2008).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 218.

    Sabari, B.R. et al. Конденсация коактиватора на суперэнхансерах связывает разделение фаз и контроль генов. Наука 361 , eaar3958 (2018).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 219.

    Visel, A., Minovitsky, S., Dubchak, I. & Pennacchio, L.A. Браузер энхансеров VISTA — база данных тканеспецифических энхансеров человека. Nucleic Acids Res. 35 , D88 – D92 (2007).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 220.

    Lupiáñez, D. G. et al. Нарушения топологических доменов хроматина вызывают патогенную перестройку взаимодействий ген-энхансер. Ячейка 161 , 1012–1025 (2015). Эта статья демонстрирует, что перестройка через границы TAD может вызывать патогенный фенотип у людей; в исследовании также используется CRISPR-Cas9 для эффективной реконструкции перестроек генома пациента-человека на моделях мышей .

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 221.

    Dickel, D. E. et al. Для нормального развития необходимы ультраконсервированные энхансеры. Ячейка 172 , 491–499.e15 (2018). Этот отчет демонстрирует, что нокаут ультраконсервированных энхансеров на мышиной модели оказал незначительное, но последующее воздействие на развитие организма, которое не было легко обнаружено с помощью общего фенотипирования .

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 222.

    Цзэн В., Ву М. и Цзян Р. Прогнозирование взаимодействий энхансер-промотор посредством обработки естественного языка. BMC Genomics 19 , 84 (2018).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 223.

    Бойл, Э. А., Ли, Ю. И. и Притчард, Дж. К. Расширенный взгляд на сложные черты: от полигенных до омнигенных. Ячейка 169 , 1177–1186 (2017).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 224.

    Gill, L. L., Karjalainen, K. & Zaninetta, D. Усилитель транскрипции локуса гена дельта-мышиного Т-клеточного рецептора. Евро. J. Immunol. 21, , 807–810 (1991).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 225.

    Гривз, Д. Р., Уилсон, Ф. Д., Ланг, Г. и Киусис, Д. 3′-фланкирующие последовательности CD2 человека обеспечивают высокоуровневую Т-клеточно-независимую экспрессию генов у трансгенных мышей. Cell 56, , 979–986 (1989).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 226.

    Рааб, Дж. Р. и Камакака, Р. Т. Изоляторы и промоторы: ближе, чем мы думаем. Nat. Преподобный Жене. 11 , 439–446 (2010).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 227.

    Михайличенко О. и др. Степень активности энхансера или промотора отражается уровнями и направленностью транскрипции эРНК.Гены. Dev. 32 , 42–57 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 228.

    Weingarten-Gabbay, S. et al. Систематический опрос человеческих промоторов. Genome Res. 29 , 171–183 (2019).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 229.

    Нгок, Л. В., Ван, Ю.-Л., Кассаветис, Г. А., Кадонага, Дж.T. Точечный кор-промотор РНК-полимеразы II. Genes Dev. 31 , 1289–1301 (2017).

    CAS

    Google ученый

  • 230.

    Джаявелу, Н. Д., Джаджодиа, А., Мишра, А. и Хокинс, Р. Атлас глушителей для геномов человека и мыши. Препринт на сайте bioRxiv https://doi.org/10.1101/252304 (2018).

    Артикул

    Google ученый

  • 231.

    Вест, А.Г., Гасзнер, М., Фельзенфельд, Г. Изоляторы: много функций, много механизмов. Гены. Dev. 16 , 271–288 (2002).

    PubMed

    Google ученый

  • 232.

    Stranger, B.E. et al. Паттерны цис-регуляторных вариаций в различных популяциях человека. PLoS Genet. 8 , e1002639 (2012).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 233.

    Поллард, К. С., Хубиш, М. Дж., Розенблум, К. Р. и Сипел, А. Определение скорости ненейтрального замещения в филогенезе млекопитающих. Genome Res. 20 , 110–121 (2010).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 234.

    Siepel, A. et al. Эволюционно консервативные элементы в геномах позвоночных, насекомых, червей и дрожжей. Genome Res. 15 , 1034–1050 (2005).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 235.

    Хан, А. и др. JASPAR 2018: обновление базы данных открытого доступа профилей связывания факторов транскрипции и ее веб-структуры. Nucleic Acids Res. 46 , Д1284 (2018).

    PubMed

    Google ученый

  • 236.

    Кулаковский И.В. и др. HOCOMOCO: к полной коллекции моделей связывания факторов транскрипции для человека и мыши с помощью крупномасштабного анализа ChIP-Seq. Nucleic Acids Res. 46 , D252 – D259 (2018).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 237.

    Schones, D. E. et al. Динамическая регуляция положения нуклеосом в геноме человека. Ячейка 132 , 887–898 (2008).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 238.

    Buenrostro, J. D., Giresi, P. G., Zaba, L. C., Chang, H. Y. и Greenleaf, W. J. Транспозиция нативного хроматина для быстрого и чувствительного эпигеномного профилирования открытого хроматина, ДНК-связывающих белков и положения нуклеосом.Nat. Методы 10 , 1213–1218 (2013).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 239.

    Mahat, D. B. et al. Картирование активных РНК-полимераз с разрешением пар оснований по всему геному с использованием прецизионного анализа ядер (PRO-seq). Nat. Protoc. 11 , 1455–1476 (2016).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 240.

    Томе, Дж.М., Типпенс, Н. Д. и Лис, Дж. Т. Секвенирование образующейся одной молекулы РНК позволяет идентифицировать архитектуру регуляторных доменов на промоторах и энхансерах. Nat. Genet. 50 , 1533–1541 (2018).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 241.

    Ku, W. L. et al. Последовательность иммунного расщепления одноклеточного хроматина (scChIC-seq) для определения модификации гистонов. Nat. Методы 16 , 323–325 (2019).

    CAS
    PubMed

    Google ученый

  • 242.

    Skene, P. J. & Henikoff, S. Эффективная стратегия целевой нуклеазы для картирования сайтов связывания ДНК с высоким разрешением. eLife 6 , e21856 (2017).

    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 243.

    Эрнст, Дж. И Келлис, М. ChromHMM: автоматизация обнаружения и характеристики состояния хроматина. Nat. Методы 9 , 215–216 (2012). Это исследование сообщает о вычислительной структуре для использования ChIP-seq модификаций гистонов для классификации областей генома по их вероятной биологической функции (например, сильный энхансер или слабый промотор) .

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • 244.

    Hoffman, M. M. et al. Неконтролируемое обнаружение паттернов в структуре хроматина человека посредством геномной сегментации. Nat. Методы 9 , 473–476 (2012).

    CAS
    PubMed
    PubMed Central

    Google ученый

  • Разделение детерминант динамики мобильных элементов в геномах позвоночных с использованием эмпирических данных и моделирования

    Цитата: Bourgeois Y, Ruggiero RP, Hariyani I, Boissinot S (2020) Разделение детерминант динамики мобильных элементов в геномах позвоночных и использование симуляции.PLoS Genet 16 (10):
    e1009082.

    https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009082

    Редактор: Седрик Фешотт, Корнельский университет, США

    Поступила: 23 апреля 2020 г .; Принята в печать: 25 августа 2020 г .; Опубликовано: 5 октября 2020 г.

    Авторские права: © 2020 Bourgeois et al. Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

    Доступность данных: скрипты, используемые для моделирования с использованием SLiM3, доступны на Github (https://github.com/YannBourgeois/SLIM_simulations_TEs). Все данные секвенирования доступны в Европейском архиве нуклеотидов (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) под обозначением PRJNA376071 BioProject (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/? термин = PRJNA376071). Все файлы с подсчетом TE и генотипами доступны на Dryad (doi: 10.5061 / dryad.wpzgmsbjw).

    Финансирование: Эта работа была поддержана исследовательским фондом Нью-Йоркского университета Абу-Даби (NYUAD) AD180 (для SB).Ядро секвенирования NYUAD поддерживается исследовательским институтом NYUAD, грантом G1205-1205A Центру геномики и системной биологии NYUAD. Финансирующие органы не играли никакой роли ни в разработке исследования, ни в сборе и интерпретации данных.

    Конкурирующие интересы: Авторы заявили об отсутствии конкурирующих интересов.

    Введение

    Мобильные элементы (TE) являются одними из геномных особенностей, которые наиболее изменчивы в живом мире. Природа взаимодействий между этими геномными «паразитами» и их хозяевами, вероятно, сыграла значительную роль в определении размера, структуры и функции эукариотических геномов [1–3].С точки зрения ТЕ, геномы можно рассматривать как экосистему с отдельными нишами. Исходя из концепций экологии сообщества [4,5], вариации в составе TE и разнообразии по геному могут быть связаны с конкуренцией за ресурсы между кладами или ограничениями, связанными с изменениями в условиях окружающей среды (разделение ниш). Альтернативная модель могла бы постулировать, что разнообразие TE обусловлено случайными событиями изменения размера популяции в хозяине и дрейфом, которые не зависят от внутренних свойств TE, таких как отбор или транспозиция (нейтральная теория) [6].В пределах данного вида-хозяина эти процессы можно изучать через призму популяционной генетики — области, которая концептуально вдохновила на изучение экологических сообществ. Процессы, связанные с разделением ниш, такие как различный отбор против новых вставок [7], вариабельность использования клеточного аппарата и доступ к хроматину различными кладами TE [8,9] или одомашнивание элементов [10], могут формировать разнообразие TE. предсказуемым образом. С другой стороны, стохастические процессы на уровне отдельных элементов, а также демография в масштабе хозяина [11–13] могут быть достаточными для объяснения изменений в ландшафте TE [4].Кроме того, случайные процессы не могут быть постоянными в геноме. Например, недавние исследования подчеркнули важность скорости рекомбинации в формировании геномного разнообразия из-за эффектов отбора по связанным сайтам. Из-за интерференции Хилла-Робертсона в регионах рядом с выбранным сайтом наблюдается снижение генетического разнообразия, эффект, который усиливается в регионах с низкой рекомбинацией [14]. Это падение может повлиять не только на разнообразие нуклеотидов, но также на TE и другие структурные варианты.

    В этой работе мы исследуем три основных фактора, которые могут влиять на распределение и разнообразие ТЕ в геноме: прямой отбор на ТЕ, интерференция Хилла-Робертсона и различия в их свойствах (например, предпочтительная вставка). Многие из этих механизмов позволяют делать прогнозы о корреляции между скоростью рекомбинации и разнообразием. Например, часто предполагается, что более высокие скорости рекомбинации могут приводить к более высоким скоростям эктопической рекомбинации, делая повторяющиеся элементы более вредными в областях с высокой рекомбинацией (например,грамм. [7,15]). Это должно привести к отрицательной корреляции между количеством / частотой ТЕ и рекомбинацией. Интерференция Хилла-Робертсона приводит к более короткому времени слияния в областях с низкой рекомбинацией. Это может привести к более быстрой фиксации нейтральных и слегка вредных мутаций, но также к более низкому полиморфизму, чем в регионах с высокой рекомбинацией [16,17]. Наконец, поскольку скорость рекомбинации часто коррелирует с другими геномными характеристиками, такими как плотность экзонов, механизм репарации ДНК или открытый хроматин, вариации в механизмах вставки TE могут отражаться в корреляциях между их плотностью и рекомбинацией.

    У позвоночных большая часть знаний о микроэволюционной динамике TE обеспечивается исследованиями на людях [7]. Кажется очевидным, что такие механизмы, как дрейф, отбор и миграция, могут играть важную роль в формировании численности и частот TEs (например, [11]). Кроме того, TE могут вставляться в регуляторные последовательности и кодирующие области и обладают сильным потенциалом снижения приспособленности. Следовательно, вероятно, что они проходят очищающий отбор, который должен оставлять определенные сигнатуры, такие как частотные спектры аллелей, смещенные в сторону редких вариантов TE по сравнению с почти нейтральными маркерами, такими как SNP [18].У человека был продемонстрирован очищающий отбор, действующий против длинных ТЕ, и этот паттерн был объяснен большей способностью длинных элементов опосредовать вредную эктопическую рекомбинацию [19]. Хотя человеческая модель дала глубокое понимание динамики LINE у млекопитающих, она дает лишь частичную картину динамики TE в целом, учитывая отсутствие недавней активности других категорий TE, таких как транспозоны ДНК, в организме. человеческий геном. Фактически, геномы млекопитающих уникальны среди позвоночных.У них обычно преобладает одна категория автономных элементов, L1, и связанных неавтономных элементов (например, Alu у приматов).

    Позвоночные животные, не являющиеся млекопитающими, демонстрируют гораздо большее разнообразие TE и часто включают элементы как класса I (т.е. элементы, которые используют промежуточную РНК в своем жизненном цикле), так и элементы класса II (т.е. элементы, не использующие промежуточную РНК). Класс I включает LTR-ретротранспозоны, не-LTR ретротранспозоны (например, LINE и Penelope) и их неавтономные аналоги (SINE).Класс II включает большое разнообразие элементов, включая широко распространенные транспозоны ДНК. Поскольку TE различаются по способу транспозиции, длине, регулятивному содержанию и структуре, вполне вероятно, что влияние, которое они оказывают на приспособленность хозяина, и то, как на них, в свою очередь, влияет специфическая реакция хозяина, будет отличаться. Потенциально плодотворным подходом к этому вопросу было бы применение концептуальных и практических инструментов популяционной генетики в модели, содержащей большое разнообразие активных ТЕ. Это упростило бы прямое сравнение между категориями TE, устраняя при этом смешанные эффекты демографии хозяина, поскольку все элементы в одном геноме имеют одинаковую демографическую историю.Растущая доступность данных повторного секвенирования всего генома, а также разработка новых вычислительных инструментов возродили интерес сообщества эволюционной геномики к анализу полиморфизмов TE внутри видов [20,21].

    Являются ли TE субстратом для адаптации — еще одна область интереса. Поскольку TE могут приводить к существенным регуляторным и структурным вариациям, они могут представлять собой мишени для быстрой адаптации и быть одомашненными геномом хозяина [22]. В настоящее время идентифицировано несколько возможных случаев в коротких эволюционных масштабах, таких как участие вставки TE в признаком промышленного меланизма у берёзовой бабочки [23] или связь между некоторыми TE и адаптацией к умеренной среде или пестицидам [10,24] в Дрозофила.Идентификация потенциальных TE (и, в более общем смысле, областей генома) для положительного отбора по-прежнему является сложной задачей и требует строгих фильтров, чтобы минимизировать количество ложных срабатываний. Сочетание сканирования генома, полученного из данных SNP, со скринингом TE, показывающих сильную разницу в частотах между популяциями, должно выполнить эту цель [20,25].

    В этом исследовании мы исследуем вариацию ТЕ в зеленом аноле (Anolis carolinensis), которая является особенно актуальной моделью, поскольку она чрезвычайно разнообразна с точки зрения содержания ТЕ.Его геном содержит четыре основных категории TE, каждая из которых представлена ​​множеством кладов элементов: автономные ретротранспозоны, не относящиеся к LTR (nLTR-RT; включая клады L1, CR1, L2 и Penelope), SINE, LTR-ретротранспозоны (LTR-RT; включая BEL, Copia, Gypsy и Dirs clade) и ДНК-транспозоны (включая hAT, hobo, Tc1 / Mariner и клады helitrons). Имеются предварительные доказательства того, что TEs могут быть вовлечены в адаптацию анолов, напр., Вставляя в кластер Hox генов [26]. Предыдущие исследования изучали закономерности генетической структуры и прошлой истории: предок зеленого анола первоначально колонизировал Флориду с Кубы между 6 и 12 миллионами лет назад [27].Первый шаг дивергенции произошел во Флориде между 3 и 2 миллионами лет назад (S1 Fig) [28], в результате чего образовались три различных генетических кластера во Флориде: популяция Северо-Восточной Флориды (NEF), популяция Северо-Западной Флориды (NWF) и популяция Население Южной Флориды (SF), последнее является основным. Предковая популяция ящериц, живущих в настоящее время на территориях с умеренным климатом, отклонилась от кластера NEF примерно на 1 млн лет назад. За этим расхождением последовала экспансия на север от Флориды до оставшейся части юго-востока США через прибрежную равнину Персидского залива за последние 100 000–300 000 лет [29,30].Это привело к появлению двух нынешних северных популяций, Персидского залива (Джорджия) и Каролины (Калифорния). Ключевым аспектом этих исследований является то, что они выявили большие эффективные размеры популяции во всех кластерах, что должно повысить эффективность отбора ТЕ и облегчить их обнаружение. Кроме того, широкий набор условий окружающей среды, с которыми сталкиваются зеленые анолы, должен предоставлять возможности для набора ТЕ путем положительного отбора. Наконец, генетическое разнообразие сильно варьирует вдоль генома зеленого анола, отражая совместные эффекты гетерогенных скоростей рекомбинации и сцепленного отбора [30].

    Мы используем преимущества предыдущих исследований, в которых изучали ландшафт рекомбинации и разнообразия вдоль генома, чтобы оценить: i) как разнообразие и геномное перераспределение варьируются в разных кладах TE; ii) если обнаруживается прямой отбор против вставок TE; iii) как взаимодействие между демографией, встречным отбором и связанным отбором может повлиять на частоту TE и местную численность; iv) есть ли какие-либо четкие доказательства положительного отбора, действующего на ТЕ.

    Результаты

    Описание полиморфных прошивок

    Всего 339 149 полиморфных вставок TE без пропущенного генотипа были извлечены из данных ресеквенирования, полученных от 28 анолов, включая пять генетических кластеров, идентифицированных в предыдущих исследованиях [29,30].Это включало как ссылку, так и вставку без ссылки. Два из этих генетических кластеров (GA и CA, называемые северными популяциями) преодолели узкое место 100000 лет назад. Обратите внимание, что индивидуум, использованный для построения эталонного генома, был взят из Южной Каролины, что помещает его в северную популяцию [31]. Наиболее распространенная категория полиморфных TE, обнаруженных в нашем наборе данных, состояла из транспозонов ДНК (N = 132 370), за которыми следовали nLTR-RT (N = 97 586), LTR-RT (N = 78 472) и SINE (N = 30 721).В более тонкой таксономической шкале мы в основном идентифицировали элементы, принадлежащие к кладам CR1, L2, L1 и Penelope для nLTR-RT, Gypsy и DIRS для LTR-RT и Hobo, Tc1 / Mariner, hAT и Helitron для транспозонов ДНК (Таблица 1 ). Такие элементы, как R4, RTEX, RTE-BovB, Vingi или Neptune, были редкими и в основном фиксированными (Таблица 1), вероятно, из-за их более старшего возраста. То же самое наблюдалось для древних повторов, классифицированных как Eulor, MER, UCON или REP для транспозонов ДНК.

    Таблица 1. Сводка полиморфизмов TE в пяти генетических кластерах, идентифицированных в зеленом аноле и двух его кубинских аналогах.

    Для каждого кластера / внешней группы указывается количество полиморфных или фиксированных элементов. Обратите внимание, что GA и CA (северные популяции) пережили узкое место примерно 100 000 лет назад.

    https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009082.t001

    Разнообразие внутри людей и генетических кластеров

    Сначала мы исследовали возможное влияние демографии на разнообразие и численность TE. У каждого человека мы оценивали, были ли обнаружены гетерозиготные вставки в других зеленых анолах или в чужих группах.Мы сосредоточились на общей гетерозиготности на индивидуальном уровне, чтобы лучше визуализировать внутри- и межиндивидуальное разнообразие (рис. 1). Синглтоны с большей вероятностью имеют недавнее происхождение, тогда как гетерозиготные TE, общие для нескольких индивидуумов, должны быть старше, что может дать информацию о прошлой и текущей динамике полиморфных элементов. Учитывая низкую гомоплазию вставок TE [32,33], элементы, общие с двумя внешними группами, почти наверняка были обнаружены у общего предка и могут подчеркивать, как прошлая демография повлияла на индивидуальные ландшафты TE.Исследование перераспределения полиморфных вставок у индивидуумов показало сходную картину для nLTR-RT, SINE и транспозонов ДНК. В среднем, более гетерозиготные TE наблюдались у особей из популяций Флориды, которые установились примерно через два миллиона лет и оставались стабильными и большими (эффективный размер популяции, N и ~ 1 миллион) после колонизации с Кубы. Для этих трех категорий гетерозиготные TE (частные или общие) более многочисленны во внешних группах (которые соответствуют 2 видам кубинских анолов) и во флоридских популяциях, но становятся более редкими в популяциях, которые расширились за пределы Флориды, что согласуется с потерей генетической изменчивости, наблюдаемой в этих недавно созданных популяциях.Кроме того, для наиболее обильных клад всегда было больше фиксированных вставок в GA и CA, чем во флоридских популяциях с аналогичными размерами выборки (Таблица 1). Эти паттерны согласуются с дрейфом, приводящим к более быстрой фиксации или устранению полиморфных ТЕ. Для nLTR-RT и SINE элементы L2 и SINE2 отображали большое количество гетерозиготных TE, обнаруженных только в двух внешних группах, но также отображали большую долю гетерозиготных сайтов, общих между A. carolinensis и либо A. porcatus, либо A.allisoni. То же самое наблюдалось для ДНК-транспозонов Tc1 / Mariner и hAT. Это говорит о том, что значительная часть элементов вставлена ​​до разделения между этими видами, и что дрейф мог привести к постепенной потере общих элементов. Hobo, Helitron, SINE1, L1, CR1 и Penelope поддерживали относительно высокую долю частных вставок у индивидов из Флориды, меньшее количество общих гетерозиготных сайтов и аналогичное количество гетерозиготных вставок по сравнению с внешними группами. Это согласуется с элементами с более низкими частотами у общего предка, либо из-за более сильного очищающего отбора, либо из-за недавней транспозиционной активности, что приводит к меньшей общей вариации между нынешними генетическими группами и видами.

    Рис. 1. Количество гетерозиготных сайтов у всех 28 человек, включенных в это исследование.

    Вертикальные пунктирные линии разграничивают пять основных генетических кластеров и две внешние группы в следующем порядке: A. allisoni и A. porcatus, SF, NWF, NEF, GA и CA. См. S1 Fig для более подробной информации об этих кластерах.

    https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009082.g001

    С другой стороны, для LTR-RT элементы из клад Gypsy и BEL отображали большое количество частных вставок в зеленом аноле, причем многие вставки обнаружены только у одной особи, и нет четкой картины снижения численности в популяции узких мест из Северного кластера.Это можно интерпретировать как признак недавнего активного перестановки в линии передачи зеленых анолов. Это было особенно ясно для цыганских элементов, предполагая всплеск транспозиции после колонизации с Кубы.

    Визуальный осмотр частотных спектров аллелей (AFS) подтвердил влияние демографии на TE (Рис. 2, S2 – S5 Рис.): Для ДНК-транспозонов, nLTR-RT и SINE спектры были смещены в сторону одиночных элементов в генетических кластерах с большими размерами популяций. (SF, NEF, NWF), тогда как эта тенденция была менее выражена в кластерах, недавно переживших узкое место (GA и CA).Это отражалось в систематически более высоких средних частотах аллелей в GA, чем в NEF (тесты Вилкоксона, P <5,7,10 −12 , за исключением SINE3; P = 0,03), единственным исключением является ACASINE, для которого не наблюдалось значительных различий. Это согласуется с ожидаемым избытком частых аллелей в случае сокращения популяции. Однако эти различия были менее четкими для LTR-RT, так как спектры сильно смещены в сторону одиночек во всех популяциях. В то время как AFS имели явно U-образную форму для трех других типов элементов, почти не было обнаружено вставки LTR-RT на очень высоких частотах.Такой паттерн согласуется с недавней активностью и очищающим отбором, предотвращающим вставки до высоких частот. Также были различия внутри разных типов элементов. Для ретротранспозонов без LTR такие элементы, как Poseidon или RTEBovB, в основном обнаруживались на высоких частотах (Таблица 1). Такие элементы, как RTE1, L1, CR1 и Penelope, демонстрируют более сильный перекос в сторону синглтонов, чем L2. В SINE1 было больше синглтонов, в то время как другие элементы встречались чаще. Для ДНК-транспозонов перекос в сторону синглетонов был сильно выражен для Hobo и Helitron, и было обнаружено очень мало фиксированных вставок (Таблица 1), что свидетельствует либо о более сильном очищающем отборе, либо о недавнем увеличении скорости транспозиции.

    Рис. 2. Частотные спектры аллелей для ТЕ, принадлежащих к двум генетическим кластерам, идентифицированным в зеленом аноле.

    NEF (N = 8 диплоидных особей) соответствует большой стабильной популяции из Флориды, а GA (N = 7 диплоидных особей) соответствует недавно созданной популяции, колонизировавшей северную среду за последние 100 000 лет.

    https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009082.g002

    Корреляция плотности TE с рекомбинацией и дифференцировкой выявляет противоречивые паттерны

    Исследования, посвященные SNP, показали, что области с низкой рекомбинацией демонстрируют меньшее разнообразие и более сильную дифференциацию между популяциями из-за эффектов сцепленного отбора [34,35].Во-первых, мы проверили, можно ли наблюдать типичные сигналы сцепленного отбора вдоль генома, исследуя корреляции между скоростями рекомбинации, производными частотами аллелей и абсолютными (d XY ) и относительными (F ST ) измерениями дифференциации, вычисленными по данным SNP. в неперекрывающихся окнах размером 1 Мб (рис. 3). Мы сосредоточились на шести основных аутосомах зеленого анола. Если связанный отбор формирует геномное разнообразие вдоль генома, должны быть 1) положительные корреляции между индексами разнообразия (средняя полученная частота аллелей, d XY ) и рекомбинацией, 2) отрицательные корреляции между мерами дифференциации (F ST ) и рекомбинацией, 3) согласованность в геномных областях, отображающих высокие или низкие значения для F ST или d XY во всех попарных сравнениях.Это согласуется с нашими наблюдениями, с в основном положительной корреляцией между скоростью рекомбинации, разнообразием и абсолютной дивергенцией для всех парных сравнений между пятью генетическими кластерами (рис. 3). Парные относительные показатели дифференциации (F ST ) отрицательно коррелировали со скоростью рекомбинации, d XY , и производными частотами аллелей, что согласуется с ролью связанного отбора, снижающего разнообразие в регионах с низкой рекомбинацией во всех генетических кластерах.Индексы дифференциации, сравнивающие CA или GA с другими популяциями, меньше коррелировали с индексами дифференциации, оцененными между парами кластеров из Флориды, что указывает на роль недавнего расширения в размытии ожидаемых корреляций.

    Рис. 3. Коррелограммы, иллюстрирующие коэффициенты ранговой корреляции Спирмена между плотностями TE в окнах размером 1 Мб и статистикой на основе SNP, такой как скорость рекомбинации (измеренная как r / μ, см. Методы), попарная относительная (F ST ) и абсолютная (d XY). ) меры дифференциации и производная частота SNP в кластере NEF (DAF).

    Корреляции с P> 0,05 обозначены крестиком.

    https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009082.g003

    Затем мы исследовали плотности полиморфных и фиксированных ТЕ в четырех основных категориях ТЕ (рис. 3). Предполагая, что они почти нейтральны, связанный отбор должен иметь такое же влияние на TE, как и на SNP. Более сильная интерференция Хилла-Робертсона, наблюдаемая в областях с низкой рекомбинацией, должна приводить к меньшему количеству полиморфных ТЕ там. С другой стороны, обычно предполагается, что скорость эктопической рекомбинации увеличивается с увеличением скорости кроссовера.В этом случае элементы, участвующие в эктопической рекомбинации, должны подвергаться сильному очищающему отбору, замедляя накопление ТЕ в областях высокой рекомбинации по сравнению с областями низкой рекомбинации. Это должно приводить к уменьшению плотности как полиморфных, так и фиксированных элементов по мере увеличения рекомбинации. Плотность TE положительно коррелировала со скоростью рекомбинации, разнообразием и относительными показателями дифференциации для SINE и транспозонов ДНК. Корреляции были слабее для nLTR-RT и почти отсутствовали для LTR-RT.Плотность фиксированных LTR-RT даже следовала противоположной схеме с более фиксированными вставками в областях с низкой рекомбинацией и высоким F ST . Для фиксированных nLTR-RT корреляции были слабыми или отсутствовали. Это говорит о том, что очищающий отбор против LTR-RT и в некоторой степени nLTR-RT может объяснить вариацию их локальной численности и разнообразия.

    Более низкая распространенность некоторых категорий ТЕ в областях с низкой рекомбинацией не объясняется более высокой плотностью функциональных элементов, которые могут усиливать их вредные эффекты (S6 Рис).Плотность экзонов положительно коррелировала со скоростью рекомбинации (rho Спирмена = 0,15; P = 9,1,10 -7 ), что предполагает, что области с высокой рекомбинацией также могут чаще транскрибироваться и поэтому чаще находятся в состоянии открытого хроматина.

    Плотности

    TE были положительно коррелированы друг с другом в популяциях хозяев для всех TE, причем корреляции усиливались, поскольку сравнения включали более тесно связанные пары популяций. Этот эффект ожидается из-за более длинной общей истории родственных генетических кластеров.

    Сравнение разнообразия TE по кладам TE в демографически стабильном генетическом кластере

    Мы оценили, оказывает ли очищающий отбор прямое влияние на TE, исследуя средние частоты TE в окнах 1 Мб и сравнивая их с частотами производных SNP. Чтобы получить более точную оценку частоты, мы сосредоточились на популяции с наибольшим размером выборки и с исторически стабильным эффективным размером популяции, NEF [30]. Мы также исследовали разнообразие на уровне клады, чтобы выделить конкретную динамику.Мы исключили классы TE с менее чем 5000 элементами (таблица 1) и объединили SINE, которые не были SINE2, вместе, чтобы обеспечить сравнение внутри категории. Мы изучили эту статистику для SNP и основных клад в четырех основных категориях TE (рис. 4). Средние частоты TE были ниже для LTR-RTst, чем для SNP, и различия были статистически значимыми (частоты 0,10, 0,15, 0,13, 0,17 и 0,26 для BEL, Dirs, Gypsy, неклассифицированных LTR и производных SNP соответственно; парные выборки критериев Вилкоксона, все P <2.2.10 −16 ) по всем кладам. Это согласуется либо с очищающим отбором против этих элементов, либо с их более молодым возрастом. То же самое наблюдалось для CR1, L1 и Penelope (частоты 0,19, 0,17 и 0,16), но не для L2 (частота 0,30), для которых средние частоты были значительно выше, чем полученные SNP (все P <1,10 −11 ) . Средняя частота SINE, отличных от SINE2, составляла 0,28, существенно не отличаясь от SNP (P = 0,88), и была даже выше для SINE2 (0.33, P = 5.5.10 −12 ). Для транспозонов ДНК, Hobo, Helitron и, в меньшей степени, Tc1 / Mariner показал более низкие частоты, чем SNP (0,13, 0,12 и 0,22 соответственно, все P <2,2,10 −16 ). С другой стороны, hAT показал среднюю частоту 0,39, что значительно выше, чем SNP (P <2,2,10 −16 ). Элементы с более высокой частотой, чем производные SNP, вероятно, являются древними, и их высокая частота лучше всего объясняется неравновесной динамикой с отсутствием недавней транспозиции, приводящей к истощению более низких частот частотного спектра аллелей.Поскольку транспозоны ДНК реплицируются посредством механизма вырезания и вставки, может случиться так, что некоторые вставки будут удалены из данного сайта вставки. Тем не менее, большие эффективные размеры популяции, рассматриваемые здесь, будут иметь любое существенное влияние случайных вырезаний и вставок, чрезвычайно ограниченных с точки зрения частоты аллелей.

    Рис. 4. Коробчатые диаграммы средней частоты TE для каждой основной категории TE в популяции NEF.

    Для SNP полученная частота аллелей была получена путем отнесения вариантов к наследственным и производным состояниям с использованием A.allisoni и A. porcatus.

    https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009082.g004

    ТЕ, участвующие в эктопической рекомбинации, должны подвергаться очищающей селекции, становясь сильнее в регионах с высокой рекомбинацией. Кроме того, более высокая плотность экзонов в этих областях (S6 Фиг.) Может увеличивать вероятность того, что эти ТЕ изменяют экспрессию гена. Это должно привести к снижению частоты полиморфных вставок и количества элементов в областях с высокой рекомбинацией и высокой плотностью генов.Чтобы проверить, следуют ли ТЕ из разных клад этому предсказанному паттерну, мы оценили, изменялась ли их средняя частота, плотность полиморфных вставок и плотность фиксированных вставок со скоростью рекомбинации (рис. 5, 6 и 7, таблица 2). Для всех LTR-RT мы наблюдали отрицательную корреляцию между скоростью рекомбинации и средней частотой (рис. 5). Слабые отрицательные корреляции также наблюдались при замене частоты плотностью фиксированных вставок (рис. 7), причем наиболее сильная тенденция наблюдалась у Gypsy.Для последнего наблюдалась отрицательная корреляция между плотностью полиморфных сайтов и рекомбинацией (рис. 6). Этот паттерн явно согласуется с более сильным пагубным действием этих элементов в областях с высокой рекомбинацией и плотностью генов. Однако корреляции были слабыми (BEL, неклассифицированный LTR-RT) для других LTR-RT. Они были значительно положительны для Дирса. SINE и ДНК-транспозоны (кроме Hobo) показали положительную корреляцию между всеми тремя сводными статистическими данными и скоростью рекомбинации, что частично может быть объяснено связанным отбором и отсутствием сильного очищающего отбора.Для Hobo была обнаружена единственная значимая корреляция между скоростью рекомбинации и плотностью полиморфных сайтов, вероятно, из-за довольно низкого количества фиксированных вставок, скрывающих корреляции.

    Таблица 2. Резюме наблюдаемых корреляций между средней скоростью рекомбинации, средней частотой ТЕ, плотностью полиморфных ТЕ и плотностью фиксированных элементов.

    Для коротких и длинных nLTR-RT из-за небольшого количества фиксированных вставок в окнах размером 1 Мбайт вместо этого мы представляем результаты для окон размером 10 Мбайт.В последнем столбце представлена ​​интерпретация корреляций, полученных при моделировании и наблюдаемых в эмпирических данных. Для смоделированных TE мы различаем исходы, когда TE имеют высокую частоту (выше, чем SNP) и низкую частоту (ниже, чем SNP). Pur. Selec. Экт. Рек .: Очищающий отбор против эктопической рекомбинации; Linked Sel .: Связанный выбор; Pref. Ins .: Предпочтительная вставка в области высокой рекомбинации / открытого хроматина; Anc. Взрыв: Древний взрыв транспозиции; (): процесс может происходить, но не влияет на направление корреляций (для моделирования), или он возможен, но три сводные статистические данные не предоставляют убедительных доказательств (для эмпирических наблюдений).NA: для Helitron и Hobo отсутствие фиксированных вставок не позволяет вычислить эту статистику. *: P-значение <0,05; **: значение P <0,01; ***: P-значение <0,001.

    https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009082.t002

    Для nLTR-RT мы не наблюдали значительной корреляции между рекомбинацией и частотой TE или плотностью фиксированных вставок, за исключением CR1 (рис. 5 и 7). ; Таблица 2). Однако положительные корреляции наблюдались для Penelope, CR1 и L2 при исследовании плотности полиморфных сайтов.Однако мы подозреваем, что это отсутствие четкой корреляции может быть связано с различиями в силе очищающего отбора среди nLTR-RT. Предыдущие исследования на позвоночных и дрозофилах [7,13,36,37] показали, что влияние вставок TE на приспособленность может быть коррелировано с их длиной. Это может быть связано с тем, что вероятность гомологичной рекомбинации возрастает с увеличением длины гомологичных фрагментов [38], или потому, что более длинные элементы содержат промоторные последовательности, которые могут иметь более пагубные эффекты на близлежащие гены.Усечение в строках LINE происходит на 5 ’конце элементов, что делает MELT-оценки их длины точными, поскольку он обнаруживает TE на основе считывания, отображающего концы вставки. Чтобы оценить, действует ли очищающий отбор сильнее на более длинные элементы, мы исследовали корреляцию между скоростями рекомбинации и средней длиной фиксированных и полиморфных LINE (которые составляют большую часть nLTR-RT, но исключают Penelope) в окнах размером 1 Мб (рис. 8) и наблюдали явная отрицательная корреляция между этими двумя статистическими данными (rho Спирмена = -0.16, -0,26, -0,21 для CR1, L1 и L2 соответственно, P <5,10–7). ЛИНИИ, зафиксированные в популяции NEF, также были короче полиморфных. Затем мы сосредоточились на коротких ЛИНИЯХ (<20% максимальной длины их соответствующей клады), чтобы оценить, были ли они также удалены из областей с высокой рекомбинацией. Мы использовали 10-мегабайтные окна, чтобы увеличить количество вставок и не потерять слишком много информации. Затем мы повторно исследовали корреляцию между скоростью рекомбинации и нашими тремя сводными статистическими данными (рис. 8).Мы обнаружили положительную корреляцию между частотой и скоростью рекомбинации для короткого CR1 и короткого L2. Все короткие элементы показали положительную корреляцию между рекомбинацией и плотностью полиморфных элементов, в то время как четкой корреляции не наблюдалось для плотности фиксированных элементов (Таблица 2, Фиг.8). Для длинных LINE (> 30% максимальной длины их специфической клады) мы наблюдали сильные отрицательные корреляции между частотой TE, плотностью фиксированных вставок и рекомбинацией. То же самое и с плотностью полиморфных вставок, за исключением L2 (табл. 2).Эти результаты предполагают, что слабые корреляции, наблюдаемые в масштабе всей клады, объясняются неравномерным, зависящим от длины отбором элементов. Поэтому короткие ЛИНИИ более вероятны под влиянием связанного отбора, в то время как длинные ЛИНИИ отображают паттерны, которые ближе к наблюдениям в LTR-RT, что предполагает более сильное влияние очищающего отбора.

    Рис. 8.

    Вверху: графики длины ЛИНИЙ (т.е. nLTR-RT, исключая Пенелопу) в зависимости от скорости рекомбинации.В центре: графики средней частоты, плотности полиморфных вставок и плотности фиксированных вставок для коротких ЛИНИЙ, внизу: такие же, как в средней строке, для длинных ЛИНИЙ. Для среднего и нижнего графиков средние частоты и плотности вычисляются для окон размером 10 Мб.

    https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009082.g008

    Эти результаты также можно объяснить более высокой скоростью делеций во вставках TE, расположенных в областях с высокой рекомбинацией [39], или более старыми элементами, содержащими больше делеций. .Однако изучение начальных и конечных координат вставок по их согласованному мнению не выявило какого-либо существенного усечения на 3 ’конце (S7 фиг.), Чего можно было бы ожидать, если бы удаление произошло после того, как элемент уже был вставлен. Мы наблюдали усечение только на 5 ’конце, что согласуется с усечением во время процесса вставки.

    Моделирование проясняет относительное влияние очищающего отбора, связанного отбора и всплесков транспозиции на разнообразие автономных ретротранспозонов

    Наши результаты показывают множество комбинаций корреляций между TE-разнообразием и скоростью рекомбинации.Чтобы прояснить и проиллюстрировать условия, при которых возникают эти комбинации, мы построили простую модель эволюции ретротранспозона в симуляторе прямого во времени SLiM3 [40]. Мы смоделировали фрагмент 4Mb с двумя скоростями рекомбинации и отрицательной селекцией на 10% некодирующих SNP. Рекомбинация была высокой для первого и последнего Мбайт и низкой для 2 Мбайт в середине фрагмента. Чтобы отразить изменяющуюся плотность функциональных сайтов между областями низкой и высокой рекомбинации (S6 фиг.), Плотность кодирующих последовательностей составляла 10 000 п.н. / Мб для 2 МБ в середине фрагмента и 20 000 п.о. / МБ для первого и последнего МБ.Кодирующие последовательности включали отрицательный отбор на 70% новых мутаций. Были смоделированы две категории ТЕ: «короткие» ТЕ, которые были слабо вредными (рис. 9, синие прямоугольные диаграммы), и «длинные» ТЕ (красные прямоугольные диаграммы), которые были более вредоносными в областях с высокой рекомбинацией. И длинные, и короткие ТЕ, попадающие в кодирующие области, были сильно вредными с коэффициентом отбора s = -1. Затем мы исследовали те же три сводные статистические данные, что и раньше: средняя частота полиморфных вставок, плотность полиморфных вставок и плотность фиксированных вставок (рис. 9).Короткие TE показали более высокие средние частоты в областях с высокой рекомбинацией, когда транспозиция поддерживалась постоянной, паттерн соответствовал ожиданиям, если связанный отбор увеличивает сортировку клонов в областях с низкой рекомбинацией (фиг.9, панели A). Однако эта тенденция изменилась, если транспозиция произошла как единый древний взрыв (панели B). В этом случае средние частоты TE также были выше из-за более старшего возраста вставок. Более того, поскольку связанный отбор ведет к более быстрой сортировке клонов в областях с низкой рекомбинацией, полиморфные вставки, которые выживают после всплеска, достигают более высоких частот, что объясняет наблюдаемую корреляцию.С другой стороны, длинные TE показали более низкие средние частоты в областях с высокой рекомбинацией из-за их более сильных вредных эффектов, независимо от того, сохранялась транспозиция постоянной или нет. Модели, включающие предпочтение вставки TE в области высокой рекомбинации (панели C и D), дали очень похожие результаты для этой сводной статистики.

    Рис. 9. Сводка моделирования TE с использованием SLiM3 с параметрами, реалистичными для кластера NEF. Было отобрано восемь диплоидных особей, чтобы имитировать нашу схему выборки.

    Коробчатые диаграммы соответствуют результатам, полученным в ходе 100 моделирования фрагмента размером 4 МБ, разделенного на три области размером 1, 2 и 1 МБ. Первый и последний Mb соответствуют областям с высокой рекомбинацией и высокой плотностью функциональных кодирующих сайтов (соответственно в 10 и 2 раза выше, чем в центральной области 2Mb). Коэффициенты отбора и другие параметры масштабируются с использованием эффективного размера популяции 1000 вместо 1 000 000, чтобы сократить время вычислений (см. Методы). 2N e s = -10 для 10% некодирующих сайтов и 2N e s = -100 для 70% кодирующих сайтов.Синие и красные пунктирные линии соответствуют средним полученным частотам SNP в областях низкой и высокой рекомбинации соответственно. A: модель с постоянной перестановкой и без предпочтительной вставки; B: модель с всплеском транспозиции. C и D такие же, как A и B соответственно, но включают предпочтительную вставку в области более высокой рекомбинации, так что 70% новых элементов попадают в эти области. TE, попадающие в области кодирования, сильно вредны (коэффициент отбора 2Ns = -2000).

    https: // doi.org / 10.1371 / journal.pgen.1009082.g009

    Плотность полиморфных вставок была выше в областях с высокой рекомбинацией для коротких ТЕ во всех моделях, но разница была еще более заметной, когда к областям с высокой рекомбинацией добавляли предпочтение. модель (панели C и D). Тенденция была обратной для длинных TE (панель A), но включение предпочтения высокой рекомбинации снова привело к положительной корреляции между скоростью рекомбинации и суммарной статистикой (панель C), поскольку большее количество вставок могло заменить те, которые были стерты в результате отбора.Модели, в которых произошел всплеск транспозиции, дали те же тенденции (панели B и D), хотя предпочтение высокой рекомбинации не полностью изменило корреляцию (панель D).

    Плотность фиксированных вставок была ниже в областях с высокой рекомбинацией, чем в областях с низкой рекомбинацией в моделях без предпочтений (панели A и B). Этот результат наблюдался как для коротких, так и для длинных ТЕ, хотя эффект усиливался для длинных ТЕ из-за их более сильного вредного воздействия в областях с высокой рекомбинацией.Однако в моделях, где была добавлена ​​предпочтительная вставка в области высокой рекомбинации, положительная корреляция со скоростью рекомбинации наблюдалась при постоянной скорости транспозиции, и различия были менее заметны в случае пакета транспозиции (панели C и D).

    Наши наблюдения оставались действительными при сценариях с различной долей точечных мутаций при очистке и положительном отборе, а также с коэффициентами отбора (от S8 до S12, рис.). Более сильный очищающий отбор (S8 фиг., 2N e s = -400 в кодирующих последовательностях, 2N e s = -40 в некодирующих последовательностях) привел к результатам, аналогичным показанным на фиг.9, но плотность полиморфных последовательностей TE имеют тенденцию быть еще ниже в областях с низкой рекомбинацией для «длинных» элементов, уменьшая контраст с областями с высокой рекомбинацией (панели A и B).В случае более слабого очищающего отбора (S9 и S10, рис.) Мы наблюдали небольшую разницу в частотах TE и плотностях в окнах для «коротких» элементов, что согласуется с их почти нейтральным поведением. Наконец, мы отмечаем, что добавление умеренных количеств положительно выбранных сайтов к этой последней модели со слабым очищающим отбором частично восстановило корреляции, наблюдаемые только с сильным очищающим отбором (S11 и S12, фиг.).

    Мы сравнили эти тенденции с нашими фактическими наблюдениями (суммированными в Таблице 2), которые согласуются либо с сильным очищающим отбором против новых вставок посредством эктопической рекомбинации, либо с преобладающими эффектами сцепленного отбора.Для коротких nLTR-RT и, в частности, CR1, мы наблюдали корреляции, соответствующие связанному отбору, аналогично моделированию для коротких элементов, выделенных на панелях A на рис. 9. Возможный эффект предпочтительной вставки может объяснить слабые корреляции, наблюдаемые между плотностью фиксированных элементов. элементы и рекомбинация для L1 и L2 (панели C). Для длинных nLTR-RT корреляции для трех статистик соответствовали моделированию, полученному для длинных элементов без предпочтительной вставки (рис. 9, панели A и B).То же самое и с цыганскими элементами. Для длинного L2 отсутствие сильной корреляции между плотностью полиморфных элементов и рекомбинацией может отражать ситуацию, близкую к моделированию, представленному на панелях C и D, с некоторым эффектом предпочтительной вставки и прошлой вспышки транспозиции. То же самое можно применить к элементам LTR-RT, таким как BEL. Для Dirs наблюдения совпали с ожиданиями для длинных элементов в моделировании, показанном на панели C, предполагая как отбор против эктопической рекомбинации, так и предпочтительную вставку в областях с высокой рекомбинацией.Для SINE и Tc1 / Mariner наблюдаемые корреляции четко соответствовали моделированию для коротких элементов, включая связанный выбор и предпочтительную вставку (панель C). Этот сценарий также вероятен для Hobo и Helitron, хотя их слабые частоты скрывают корреляции между средними частотами аллелей, плотностью фиксированных сайтов и рекомбинацией. Эта же проблема затрудняет любую интерпретацию закономерностей, наблюдаемых у Пенелопы.

    Учитывая высокие частоты, наблюдаемые для SINE2 и, в частности, hAT, возможно, что более низкие скорости транспонирования в последнее время привели к ситуации, промежуточной между нашими сценариями постоянного транспонирования и древними сценариями всплесков для коротких элементов (панели C и D соответственно), ослабляя корреляции между средними частотами и рекомбинацией.

    Являются ли TE объектами сильного недавнего положительного отбора в северных популяциях?

    Поскольку TE могут вызывать серьезные регуляторные изменения, они могут быть привлечены во время местной адаптации, особенно у видов, охватывающих широкий диапазон условий окружающей среды. Если вставки TE были рекрутированы во время недавней колонизации северных сред, они должны демонстрировать сильное изменение частот между флоридским источником и северными популяциями и попадать в регионы, демонстрирующие признаки положительного отбора, которые можно обнаружить с помощью данных SNP.Сначала мы просканировали все полиморфные вставки, чтобы идентифицировать набор кандидатов TE, показывающих высокие частоты в северных кластерах и низкие частоты во Флориде. Мы использовали две статистики для идентификации ТЕ, которые потенциально находились под положительным отбором, X T X и eBPis [41]. X T X — это мера глобальной дифференциации, которая должна быть выше для маркеров, отображающих вариации частот аллелей, которые не соответствуют демографическим ожиданиям, полученным из SNP. eBPis — это дополнительная статистика, которая специально сравнивает частоты между кластерами Флориды и Севера.Мы определили набор из 34 вставок, которые попали в верхний 1% статистики как для eBPis, так и для X T X, и показали сдвиг их частоты не менее чем на 0,5 по сравнению со всеми образцами в Южной Флориде. Затем мы отфильтровали вставки, которые не попали в набор окон кандидатов, отображающих последовательные сигналы выбора в трех различных подходах (diploS / HIC [42], BAYPASS [41] и LSD [43]; см. Методы). Семнадцать и 15 вставок TE перекрывались окнами в первых 10% для оценки LSD и оценки BAYPASS соответственно (Таблица 3).Восемь вставок TE попали в окно, классифицированное diploS / HIC как развертка. Всего в окнах кандидатов для отбора во всех трех тестах было обнаружено шесть вставок (таблица 3), четыре из них были обнаружены в трех различных генах, нейрексине, PTBP3 и TCF-20-201.

    Таблица 3. Краткое изложение 34 кандидатов на вставку TE для положительного отбора.

    Только две из этих вставок были обнаружены у A. allisoni и A. porcatus. Для каждой вставки предоставляется предполагаемая длина, оцененная MELT.Приведены оценки LSD, медиана eBPis для SNP (полученных с помощью BAYPASS) и классификации diploS / HIC для окон, содержащих фокусное TE. Окна, которые находятся выше 90% процентиля или классифицируются как развертки, выделяются звездочкой.

    https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009082.t003

    Обсуждение

    Используя эмпирические данные в модельных видах, содержащих большое разнообразие активных ТЕ, а также моделировании, мы исследовали относительное влияние селективных и неизбирательных факторов на популяционную динамику всех основных категорий ТЕ, действующих у позвоночных.Мы проверили, как сочетание сцепленного отбора в хозяине, прямого отбора против ТЕ и изменений в скорости транспозиции может объяснить гетерогенную частоту и распространенность ТЕ по геному. Сравнивая разнообразие нескольких наиболее распространенных категорий TE, обнаруженных у позвоночных в пределах одного и того же организма, мы ясно демонстрируем, что взаимодействие между этими процессами приводит иногда к совершенно разным результатам, даже в условиях общей демографической истории. Возможно, удастся распутать эти различные процессы, используя информацию о длине элементов, геномном местоположении и частоте.

    Демография определяет разнообразие ТЕ среди населения

    Мы наблюдали явное влияние генетического дрейфа на разнообразие TE в генетических кластерах, изученных в этом исследовании. Прошлая работа по демографии зеленых анолов ясно показала, что кластеры GA и CA расширились недавно после узкого места, когда популяции сократились до примерно 10% от размеров их предков [30]. Это связано с уменьшением общего количества полиморфных вставок, обнаруженных в этих популяциях (рис. 1, таблица 1), но также с увеличением количества фиксированных элементов по сравнению с образцами Флориды.Среди семейств и клад было на 5-20% больше фиксированных вставок в северных образцах, чем во Флориде (Таблица 1). Это классическое ожидание: в условиях узкого места редкие мутации часто вымирают, в то время как частые имеют тенденцию достигать фиксации, оставляя избыток мутаций с промежуточными частотами [44]. Фиксацию также может облегчить относительно менее эффективный отбор из-за более низкого эффективного размера популяции, уменьшая N e s. Сильное влияние демографии на численность и частоту TE также наблюдалось в широком диапазоне видов и семейств TE, таких как SINE, nLTR-RT, Ac-подобные элементы и Gypsy, у нескольких видов Arabidopsis [11,45].У Drosophila subobscura недавние узкие места могут также объяснить необычно высокие частоты Gypsy и bilbo элементов [46].

    Связанный выбор влияет на частоту TE, но не полностью объясняет плотность TE

    Мы получили интригующие результаты для SINE, транспозонов ДНК, таких как Tc1 / Mariner, и коротких nLTR-RT. Согласно гипотезе эктопической рекомбинации [36,47], которая обычно используется для объяснения полногеномных паттернов ТЕ разнообразия, ТЕ имеют тенденцию удаляться из областей высокой рекомбинации посредством очищающего отбора.Такие корреляции обычно наблюдались для нескольких семейств TE у плодовых мушек и других позвоночных [7,36,48,49]. Это должно приводить к отрицательной корреляции между рекомбинацией и разнообразием или численностью TE, предполагая постоянное транспонирование. Вместо этого мы наблюдаем положительную корреляцию между рекомбинацией и средней частотой и плотностью полиморфных элементов. Однако такая положительная корреляция между аллельным разнообразием и рекомбинацией является хорошо известной особенностью так называемого «сцепленного отбора» [14,17].Гаплотипы, несущие вредные мутации, обычно длиннее в регионах с низкой рекомбинацией, и конкуренция между ними снижает эффективность отбора [17]. Точно так же локальное уменьшение разнообразия, которое сопровождается избирательным сканированием, распространяется на более длинные геномные расстояния в областях с низкой рекомбинацией. В целом это приводит к эффекту, подобному локальному уменьшению эффективных размеров популяции в регионах с низкой рекомбинацией, уменьшая разнообразие и увеличивая вероятность того, что вредные аллели достигнут фиксации.Мы отмечаем, что эти элементы, как правило, довольно короткие по длине, что может сделать их почти нейтральными и, следовательно, более вероятно, что на них будет влиять связанный выбор.

    Несмотря на то, что была проведена некоторая работа по изучению того, может ли интерференция Хилла-Робертсона между элементами увеличивать количество фиксированных вставок в областях с низкой рекомбинацией [16], нет ни одного исследования (насколько нам известно), которое изучало бы частотный спектр аллелей TE. вставки под связанным выделением. Кроме того, последнее исследование рассматривало только вставки TE и не включало фоновый отбор или развертки по SNP.Наше моделирование предполагает, что связанный отбор может приводить к положительной корреляции между частотой полиморфных ТЕ и численностью: полиморфные ТЕ будут стохастически достигать частот 0 или 1 с большей скоростью в областях с более низкой рекомбинацией. Следовательно, это привело бы к увеличению количества полиморфных ТЕ и средних частот ТЕ по мере увеличения рекомбинации, но также и к уменьшению количества фиксированных ТЕ (как и ожидалось в случае интерференции Хилла-Робертсона).

    В отличие от гипотез эктопической рекомбинации и сцепленного отбора, предпочтительная вставка в области высокой рекомбинации и открытого хроматина действительно предсказывает положительную корреляцию между скоростями рекомбинации и плотностью TEs.Этот механизм был предложен для объяснения того, почему LINEs и LTR-RT могут быть более многочисленными в регионах с высокой рекомбинацией у Ficedula flycatchers и zebra finch [8]. В случае LTR-RT также может быть, что более высокие скорости рекомбинации увеличивают частоту образования соло-LTR, ограничивая их вредные эффекты. Это обычно наблюдается для нескольких ретротранспозонов у разных видов [9,50,51]. Однако у людей L1 может фактически не демонстрировать сильного предпочтения открытого хроматина и более ограничен временем локальной репликации [52,53].В зеленом аноле nLTR-RT и LTR-RT не обнаруживают убедительных доказательств предпочтительной вставки в области высокой рекомбинации, которые имеют тенденцию нести меньше фиксированных элементов. Мы отмечаем, что эти семейства могут быть старше у птиц, чем в зеленых анолах, их накопление составляет от 55 до 33 миллионов лет назад [54], в то время как значительная часть этих элементов демонстрирует менее 1% расхождения с их консенсусом в зеленых анолах (см. на http://www.repeatmasker.org/species/anoCar.html, последний доступ 25.03.2020).Следовательно, возможно, что очищающий отбор имел больше времени для удаления наиболее вредных вставок у птиц, увеличивая сигнал предпочтительной вставки, который может быть замаскирован в зеленом аноле. Возможно также, что элементы LTR-RT чаще продуцируют соло-LTR у птиц, чем у ящериц, что делает их менее вредными и более подверженными дрейфу и связанному отбору. Дальнейшие исследования в более тонких геномных масштабах будут полезны для точной количественной оценки того, как местные геномные особенности влияют на численность TE.

    Наше моделирование предполагает, что предпочтительная вставка, вероятно, не приведет к более высоким средним частотам TE в областях с высокой рекомбинацией. Мы интерпретируем это как тот факт, что предпочтительная вставка аналогична локально более высокой частоте мутаций для нуклеотидов: хотя это может повлиять на локальную плотность SNP вдоль генома, оно должно иметь небольшое влияние на форму частотного спектра аллелей в условиях равновесия между мутациями и дрейфом (ниже предположение о бесконечности сайтов, которое должно выполняться при низких скоростях мутаций или транспозиций [55]).

    Таким образом, мы предполагаем, что SINEs, Tc1 / Mariner и большинство коротких элементов находятся под влиянием сцепленного отбора и предпочтительно вставляются в области высокой рекомбинации, возможно потому, что они с большей вероятностью связаны с открытым состоянием хроматина. Действительно, объединение этих механизмов в нашем моделировании дало корреляции, соответствующие нашим наблюдениям для SINE и Tc1 / Mariner. Средняя частота этих элементов была довольно близка к средней полученной частоте SNP. Поэтому маловероятно, что сильный очищающий отбор действует против этих элементов (рис. 4, 5, 6 и 9).

    Для коротких nLTR-RT отрицательная корреляция между скоростью рекомбинации и плотностью фиксированных элементов может отражать остаточный эффект более сильного очищающего отбора в областях с высокой рекомбинацией и / или более слабого предпочтения для областей открытого хроматина. В случае короткого L1 мы наблюдаем положительную корреляцию между плотностью полиморфных элементов и скоростью рекомбинации, но эта корреляция слабая при изучении плотности фиксированных элементов или средней частоты. Однако мы отмечаем, что L1 значительно длиннее, чем другие LINE (рис.8; средняя длина 3700 п.н., 1194 п.н. и 1448 п.н. для L1, L2 и CR1 соответственно для всех вставок в набор данных, тесты Вилкоксона, все P <2.2.10 −16 ), что ограничивает наши возможности по изучению коротких элементов.

    Комбинация пакетов транспонирования и связанного выбора оставляет определенную сигнатуру

    Внезапные всплески транспозиции обычны для TE и были зарегистрированы у множества видов [56–60]. Эта идиосинкразия ограничивает прямые сравнения между TE и SNP, поскольку частота мутаций обычно считается постоянной для последних. Общий прогноз состоит в том, что средняя частота элементов должна увеличиваться с возрастом, что наблюдается у Drosophila [48].Наше моделирование также предполагает, что положительная корреляция между средней частотой TE и скоростью рекомбинации, наблюдаемая для слабо вредных TE, может быть ослаблена и даже обращена вспять в случае достаточно старого пакета транспозиции. Это связано с тем, что самые редкие элементы уже были устранены путем дрейфа, а эффекты сцепленного отбора приводят к более быстрому накоплению элементов с высокой частотой в областях с низкой рекомбинацией.

    Мы обнаружили, что такие элементы, как hAT и L2, имеют значительно более высокие средние частоты, даже выше, чем полученные SNP.Для этих двух элементов корреляция между их средними частотами и скоростью рекомбинации была довольно слабой, даже если рассматривать только короткий L2, который должен быть наименее вредным. Это может отражать промежуточную ситуацию по сравнению с крайними сценариями, показанными на рис. 9, такую ​​как множественные волны транспозиции или более молодой всплеск, чем смоделированный, что может скрыть корреляции за счет сглаживания средних частот аллелей. Изучение спектра у большего количества людей может потенциально выявить нерегулярное транспонирование, поскольку локальные пики в спектре должны соответствовать возрасту каждого всплеска.

    С другой стороны, транспозоны ДНК, такие как Helitron и Hobo, имеют очень низкие частоты, почти без фиксированной вставки, но более распространены в областях с высокой рекомбинацией. Этот паттерн можно объяснить недавним всплеском транспозиции, связанным со слабым очищающим отбором. По-прежнему трудно оценить, разделяют ли эти элементы предпочтение других транспозонов ДНК для областей с высокой рекомбинацией из-за отсутствия фиксированных вставок.

    Сильный очищающий отбор против Dirs, LTR-RT и длинных nLTR-RT

    Имеются данные о том, что сильный очищающий отбор действует на Dirs, LTR-RT и длинные nLTR-RT: их средняя частота обычно ниже, чем частота производных SNP.Только недавние всплески транспозиции могут быть ответственны за избыток молодых, поэтому редких аллелей [61]. Хотя это, очевидно, относится к элементам Gypsy, которые демонстрируют много синглетонов и, по-видимому, меньше подвержены влиянию недавней демографии, мы также нашли доказательства более низкой средней частоты TE и плотности фиксированных TE в областях с высокой рекомбинацией для длинных nLTR-RT и LTR. -РЦ. Согласно нашему моделированию, такая корреляция может быть получена только путем более сильного очищающего отбора в областях с высокой рекомбинацией, что согласуется с моделью эктопической рекомбинации.Для всех LTR-RT (кроме Gypsy) и длинных L2 мы наблюдали слабые и даже положительные корреляции между скоростью рекомбинации и плотностью полиморфных элементов. Это может отражать некоторое предпочтение областей с высокой рекомбинацией, компенсирующих потерю полиморфных элементов в результате отбора.

    Эти результаты предполагают, что LTR и длинные nLTR-RT могут быть более вредными в областях с высокой рекомбинацией, которые также богаты функциональными элементами. Если предположить, что наши модели достаточно близки к реальным процессам, происходящим в зеленом аноле, N e s против этих элементов, вероятно, будет высоким, и, возможно, выше для элементов с очень низкими частотами, таких как Dirs, Gypsy или BEL.Полноразмерные LTR-RT представляют собой очень длинные элементы (~ 5000 п.н.) в зеленом аноле, что может быть очень вредным в рамках модели эктопической рекомбинации. Кроме того, они несут регуляторные мотивы, которые могут усиливать их пагубные эффекты вблизи кодирующих областей. Длина элемента, по-видимому, сильно коррелирует с его влиянием на приспособленность, поскольку короткие ЛИНИИ демонстрируют ослабление и даже изменение корреляции со скоростью рекомбинации. Эти результаты согласуются с гипотезой эктопической рекомбинации, поскольку более длинные элементы с большей вероятностью опосредуют события эктопической рекомбинации [7].

    Сильный недавний положительный отбор на TE — редкость

    Недавняя колонизация северного климата зелеными анолами, возможно, была возможностью для одомашнивания ТЕ, либо посредством адаптации к новым встреченным давлениям отбора, либо посредством отбора при расселении, способствующего колонизации новой среды [62]. Мы не нашли убедительных доказательств того, что TE участвуют в адаптации северных популяций. Только несколько TE показали существенные различия в частотах между северными и флоридскими скоплениями.Всего мы обнаружили четыре элемента, которые являются серьезными кандидатами на положительный отбор, попадая в интроны гена нейрексина, PTBP3 и TCF20-201. PTBP3 участвует в росте клеток и эритропоэзе [63]. Нейрексины участвуют в высвобождении нейромедиаторов [64], тогда как TCF20-201 является фактором транскрипции, связанным с поведенческими аномалиями [65,66]. Хотя это предполагает потенциальное влияние на нервную систему и поведение и перекликается с нашими выводами из предыдущего исследования положительного отбора у зеленых анолисов [62], необходимы дальнейшие исследования, чтобы формально подтвердить причинную роль этих элементов и исключить возможность того, что они связаны только с выбранным причинным вариантом.Тот факт, что ни один из этих элементов не был полноразмерным (таблица 3), делает маловероятными существенные нормативные изменения. Наши результаты контрастируют с наблюдениями на Drosophila, где многие TE обнаруживают крутые клины по частоте, которые соответствуют градиентам окружающей среды и адаптивным фенотипам [24,67,68]. Необходимы дальнейшие исследования, чтобы оценить, могут ли более высокие эффективные размеры популяции и более компактная структура генома у Drosophila объяснить более высокие темпы одомашнивания.

    Появляется все больше свидетельств того, что внутренние свойства геномов (например,грамм. чрезмерное доминирование, эффекты Хилла-Робертсона, неравновесная демография) могут приводить к ложным сигналам отбора. Мы отмечаем, что мы чрезвычайно строги в нашем подходе, требуя, чтобы по крайней мере три различных теста положительного отбора давали последовательный сигнал, причем один из этих тестов явно включает демографическую историю в его реализацию. Хотя это может потенциально ограничить нашу способность обнаруживать более тонкие сигналы положительного отбора (например, мягкое или частичное сканирование), мы предостерегаем от чрезмерной интерпретации результатов, полученных в результате одного теста, особенно когда демографические истории сложны.Это не означает, что TEs не участвуют чаще в более длительных временных масштабах: например, TEs могут участвовать в видообразовании и морфологической адаптации путем формирования кластера Hox генов в анолах [26]. Будущие исследования более крупных выборок могут дать более точную картину роли ТЕ в адаптации к местным условиям.

    Перспективы моделирования динамики ТЭ

    Мы создали простую модель эволюции ТЕ, которая включала очищающий отбор переменных против ТЕ, всплески транспозиции, предпочтительную вставку ТЕ в области высокой рекомбинации и связанный отбор.Хотя эта модель была разработана как способ проиллюстрировать, как различные комбинации параметров могут влиять на корреляции для трех основных статистических данных, рассмотренных в этой работе, она представляет собой шаблон для будущих более подробных исследований эволюции TE. Например, SLiM3 позволяет включать подробные карты геномных особенностей, сложных демографических историй, нескольких режимов отбора или бесполого размножения. Это должно облегчить интерпретацию разнообразия TE у видов, для которых доступен эталонный геном, и улучшить наше понимание модельных видов, для которых существует обширная геномная информация.Смоделированные данные могут использоваться в ABC-подобном подходе [13] или для обучения алгоритмов машинного обучения [69]. Такие подходы могут иметь возможность напрямую количественно оценить для каждой TE clade силу очищающего отбора и то, как могут взаимодействовать другие процессы, такие как связанный процесс отбора и транспозиции.

    Материалы и методы

    Отбор проб и вызовы SNP

    образцов ткани печени 27 особей Anolis carolinensis было собрано в период с 2009 по 2011 год (Tollis et al.2012), а A. porcatus и A. allisoni были щедро предоставлены Бредой Зимкус из Гарвардского университета. Библиотеки полногеномного секвенирования были созданы из этих образцов в соответствии с лабораторными и биоинформатическими процедурами, уже представленными в [30] и подробно описанными в S1 Text. Глубина секвенирования составляла от 7,22X до 16,74X при средней глубине 11,45X. Данные SNP включали 74 920 333 варианта с пропущенными данными менее чем на 40%. Данные о секвенировании из этого исследования были отправлены в архив чтения секвенирования (https: // www.ncbi.nlm.nih.gov/sra) под обозначением BioProject PRJNA376071. Мы исключили одного человека с низкой глубиной охвата из последующих анализов из-за большого количества отсутствующих данных.

    Вызов TE

    Мы использовали инструмент Mobile Element Locator Tool (MELT) для идентификации полиморфных вставок в геноме зеленого анола [70]. Это программное обеспечение хорошо работает при идентификации и генотипировании полиморфных TE при повторном секвенировании данных с низким и умеренным охватом (5-20X) с использованием консенсусных последовательностей TE (доступно на https: // github.com / YannBourgeois / SLIM_simulations_TEs), чтобы идентифицировать отображение чтения как на эталонный геном, так и на консенсус. Мы следовали тому же конвейеру, который использовался в предыдущих исследованиях [12,13], но включили несколько кладов мобильных элементов, охватывающих SINEs, nLTR-RT, LTR-RT и транспозоны ДНК, используя все доступные консенсусные последовательности, доступные на Repbase [71] для вызова TE. Обратите внимание, что MELT может оценить наиболее вероятные точки останова, длину вставки и цепочку для каждой вставки. Мы следовали пути MELT-SPLIT, который состоит из четырех основных этапов.Во-первых, TE вызываются для каждого человека отдельно (IndivAnalysis). Затем вызов выполняется в масштабе всего набора данных для повышения чувствительности и точности при оценке точек останова и длины вставки (GroupAnalysis). Эта информация затем используется для генотипирования каждого человека (Genotype), после чего создается файл VCF, в котором перечислены все полиморфизмы (makeVCF). Чтобы получить точную оценку частотных спектров TE, мы также использовали MELT-DELETION для идентификации полиморфных вставок, обнаруженных в эталоне, но не у всех секвенированных лиц.Мы назвали полиморфные ТЕ для каждой клады в пределах четырех основных категорий, используя порог 5% с согласованной последовательностью, чтобы отнести элемент к определенной кладе. Затем полученные файлы VCF были объединены для каждой из четырех рассмотренных основных категорий. В случае возможного дублирования вызова (т.е. когда две вставки были обнаружены на расстоянии менее 2000 пар оснований друг от друга), сохранялась только вставка с наименьшим расхождением. В случае равной дивергенции, оставался элемент с наибольшей частотой вызовов.Мы сосредоточились на вставках TE без пропущенных данных. Хотя мы признаем, что эти фильтры могут быть довольно строгими, они не должны оказывать никакого влияния на корреляции с внутренними геномными особенностями и демографией.

    Корреляция с геномными особенностями и статистикой SNP

    Из выходных данных MELT мы извлекли информацию о частоте каждой вставки в каждом из пяти генетических кластеров, обнаруженных в зеленом аноле, используя опцию — counts в VCFTOOLS (v0.1.14) [72]. Мы также оценили количество гетерозиготных сайтов для каждого человека, используя параметр —012 в VCFTOOLS.Для nLTR-RT мы извлекли длину каждой вставки с помощью сценариев оболочки. Мы подсчитали количество вставок и долю частных и общих аллелей для каждой клады, используя R-скрипты [73].

    Мы также исследовали, как разнообразие TE коррелирует с внутренними особенностями генома, такими как скорость рекомбинации, и статистикой, относящейся к демографическим процессам. Мы сосредоточились на трех обычно используемых статистических данных для описания разнообразия ТЕ в каждом генетическом кластере: плотности полиморфных ТЕ вдоль генома, плотности фиксированных ТЕ вдоль генома и средней частоты полиморфных ТЕ в популяции хозяина.Обратите внимание, что мы не включаем ТЕ, которые зафиксированы во всех 29 выборках, поскольку мы интересуемся самой последней динамикой популяции. Мы усредняли частоту и плотность ТЕ для окон размером 1 Мб, длину, выбранную для восстановления достаточного количества ТЕ даже на уровне клады, при ограничении эффектов неравновесия по сцеплению и автокорреляции между соседними окнами. Окна без TE или найденные на каркасах, не относящихся ни к одной из шести основных аутосом, были исключены. Для оценки средних частот TE использовались только окна с минимум тремя полиморфными вставками.Мы также извлекли среднюю эффективную скорость рекомбинации ρ = 4N e r в кладе NEF, оцененную LDHat (v2.2) [74] в предыдущем исследовании, с N e — эффективным размером популяции и r — скоростью рекомбинации между два соседних сайта (подробности см. в S1 Text и [30]). Эта генеральная совокупность была выбрана, поскольку она имеет самый большой размер выборки и большой, стабильный эффективный размер совокупности. Эта частота была разделена на другую оценку эффективного размера популяции, среднее количество парных различий (θ π = 4N e μ, μ — частота мутаций на пару оснований), чтобы получить оценку r / μ, менее чувствительную. к местному сокращению эффективной численности населения из-за связанного отбора.Относительные и абсолютные меры дифференциации, такие как d XY и F ST , также были рассчитаны для окон размером 1 Мб, а также средняя частота полученных SNP в зеленых анолах с использованием двух внешних групп A. porcatus и A. allisoni для определить производные аллели. Эти последние статистические данные были получены с использованием пакета POPGENOME (v2.7.5) [75]. Коррелограммы, суммирующие корреляции между этими сводными статистическими данными, частотами TE и плотностями TE для четырех основных порядков, были получены с использованием корреляционного графика пакета R.Достоверность и сила корреляции оценивались с помощью тестов ранговой корреляции Спирмена. Для графиков корреляции линии регрессии и их доверительные интервалы были добавлены для улучшения видимости с помощью функции geom_smooth в ggplot2 (v3.2.1) [76], используя гауссову модель для частот TE и модель Пуассона для плотностей TE (которые являются подсчетами на окно).

    Моделирование SLiM3

    Чтобы прояснить, как такие факторы, как связанный выбор, пакеты транспонирования и предпочтительная вставка TE могут повлиять на три статистические данные, изученные в этом исследовании, мы выполнили моделирование с использованием симулятора прямого во времени SLiM (v3.3.3) [40]. Мы изменили существующий рецепт (14.12), предоставленный Бенджамином Халлером и Филиппом Мессером. Мы смоделировали геномный фрагмент размером 4Mb с такими параметрами, как эффективный размер популяции, плотность экзонов, мутации и скорости рекомбинации, которые были реалистичными для зеленых анолов (S13, рис.). Мы смоделировали 8 диплоидных особей, отобранных из стабильной популяции с N и из одного миллиона диплоидных особей, аналогичных кладе NEF (S1 Рис.). Скорость мутации нуклеотидов была установлена ​​на уровне 2.1.10 −10 мутации / поколение / сайт [28].Чтобы смоделировать эффекты сцепленного отбора, мы установили скорость рекомбинации на уровне 2,10 −10 / поколение на первом и последнем Mb фрагмента и на 2,10 −11 / поколение в 2Mb между ними. Эти показатели включают те, которые были оценены с помощью LDHat в предыдущих исследованиях [30,62]. Поскольку области с более высокой рекомбинацией имеют тенденцию отображать больше экзонов (S6 фиг.), Мы отнесли к областям с низкой и высокой рекомбинацией 10 000 п.о. и 20 000 п.н. кодирующих последовательностей на Мб соответственно. Мы моделировали экзоны размером 160 п.н. (близкие к средней длине экзонов в зеленом аноле), которые размещались случайным образом до тех пор, пока не была достигнута желаемая плотность.Чтобы изучить эффекты сцепленного отбора из-за вредных и положительно выбранных сайтов, мы варьировали долю нуклеотидных мутаций при отборе. В экзонах мы сохранили долю новых вредных точечных мутаций на уровне 70% во всех моделях, что кажется разумным, учитывая, что dN / dS в анолах составляет около 0,15 [77], что позволяет предположить, что большинство замен в немоличных сайтах вредны (см. Вставку 2 в [78]). Чтобы получить результаты, показанные на рис.9, мы предположили, что вредные мутации в экзонах будут оказывать сильное влияние на приспособленность, с 2N e s = -100 (s = 5.10 -5 ). Из всех новых точечных мутаций в некодирующих областях 10% были вредными с 2N e s = -10 (s = 5,10 -6 ). Информации о влиянии новых мутаций на некодирующие последовательности у позвоночных животных в целом и зеленого анола в частности на приспособляемость мало. Однако наша оценка кажется консервативной, учитывая, что у мышей и людей около 20-40% мутаций в консервативных областях могут иметь s> 3,10 -4 [79]. Для дальнейшего изучения того, как различные селективные коэффициенты могут повлиять на наши результаты, мы изучили результаты моделирования с 2N e s = -40 или 2N e s = -1 в 10% некодирующих сайтов и 2N e s. = -400 или 2N e s = -10 в кодирующих областях (S8 и S9 фиг.).Мы также исследовали случай, когда очищающий отбор по нуклеотидам практически не проводился, только 1% некодирующих сайтов находился под очищающим отбором (S10 фиг.). Мы признаем, что положительный отбор также может играть важную роль в уменьшении разнообразия, а также исследовали, как добавление положительного отбора к последней модели с небольшим очищающим отбором по нуклеотидам может восстановить корреляции, которые мы наблюдали с сильным очищающим отбором. Мы добавили положительно выбранные замены, с 1% и 5% новых замен в кодирующих областях с 2N e s = +10 (0.1% и 0,5% в некодирующих областях, S11 и S12 Figs соответственно) Мы предположили, что существует 10 предшественников TE для данной клады TE во всем геноме, которые могут прыгать и вставляться при P = 1,10 −3 элементов / поколение / геном с постоянной скоростью, значение, выбранное для отражения известных скоростей транспозиции у позвоночных, которое дает ряд TE, близких к нашим эмпирическим наблюдениям для отдельных кладок TE. Это дало вероятность вставки в область 4Mb P x 4/1780, поскольку геном зеленого анола равен 1.78 Гб в длину. Мы также смоделировали всплески транспозиции, когда P было установлено в 100 раз выше, но при этом транспонирование происходило только в течение 100 000 лет, начиная с 1 000 000 лет назад. Обратите внимание, что в этом последнем случае вставки TE не достигают равновесия транспозиция-отбор-дрейф. Половина вновь сгенерированных элементов считалась «короткой» и подвергалась слабой очистке с 2N e s = -0,1. Другая половина считалась «длинной» и оказывала более сильное влияние на приспособленность при падении в областях с высокой рекомбинацией (2N e s = -10), чем в областях с низкой рекомбинацией (2N e s = -1).Обоснованием этого является то, что длинные элементы имеют более высокую вероятность опосредовать вредные события эктопической рекомбинации, и эти события с большей вероятностью происходят в регионах с высокой рекомбинацией. Как длинные, так и короткие ТЕ, попадающие в кодирующие последовательности, считались сильно вредными (2N e s = -2000). Чтобы повысить скорость моделирования, мы смоделировали популяцию размером N e = 1000 диплоидных особей и изменили масштаб всех параметров. соответственно: мутации, рекомбинации и скорости вставки были умножены в 1000 раз, а коэффициенты генерации и отбора поделились на один и тот же коэффициент.Моделирование проводилось в течение 20 000 поколений, чтобы гарантировать, что баланс мутации-отбора-дрейфа был достигнут для нуклеотидных мутаций.

    Чтобы учесть потенциальное предпочтение вставки элементов в области высокой рекомбинации, которые, как правило, богаты генами и часто связаны с открытым хроматином [8,80], мы также добавили смещение предпочтения Q, которое может принимать значения 0,5 ( TE с большей вероятностью вставлялись в области с низкой рекомбинацией, чем в области с высокой рекомбинацией) или 0,7 (в этом случае 70% TE прыгали в область 4Mb, вставленную в области с высокой рекомбинацией, и 30% в области с низкой рекомбинацией).Обратите внимание, что значения для коэффициентов отбора и предпочтительной вставки были выбраны, чтобы лучше визуализировать тенденции, которые мы наблюдали в ряде других комбинаций, и потому, что они дали результаты, близкие к нашим эмпирическим наблюдениям. Скрипты, используемые для моделирования этих данных, доступны на Github (https://github.com/YannBourgeois/SLIM_simulations_TEs) и могут быть повторно использованы для более подробного изучения других комбинаций параметров.

    Совпадение со сканированными изображениями для положительного отбора

    Мы использовали подход, реализованный в BAYPASS (v2.1) [41] для обнаружения ТЕ, демонстрирующих высокую дифференциацию в северных популяциях. Общая дивергенция в каждом локусе сначала была охарактеризована с использованием статистики X T X, которая является мерой адаптивной дифференциации с поправкой на структуру популяции и демографию. Вкратце, BAYPASS оценивает матрицу вариации-ковариации, отражающую корреляции между частотами аллелей в популяциях, описание, которое может включать события примеси и поток генов. Эта матрица затем используется для корректировки статистики дифференциации.BAYPASS предлагает возможность оценить эмпирическое байесовское значение p (eBPis) и коэффициент корреляции, которые можно рассматривать как поддержку неслучайной ассоциации между аллелями и конкретными популяциями. BAYPASS был запущен с параметрами по умолчанию в рамках базовой модели и с использованием матрицы, выведенной из данных SNP в [62]. Мы рассматривали TE в качестве кандидата для отбора в северных популяциях, когда они принадлежат к верхнему 1% X T X и 1% eBPis, и если разница в частоте с Флоридой была не менее 0.5.

    Мы сравнили наш набор кандидатов TE с результатами, полученными в предыдущем исследовании положительного отбора в тех же северных популяциях [62]. Вкратце, применялись три разных метода и сравнивались их результаты. Сначала мы использовали diploS / HIC [42], который представляет собой подход к машинному обучению, который использует моделирование слияния с отбором и без него, чтобы оценить, какие участки генома с большей вероятностью будут подвергаться отбору. Преимущество этого метода состоит в том, что он учитывает прошлые колебания численности населения, что может снизить количество ложных срабатываний из-за демографии.